Убедительные доказательства виновности Фунтикова в гибели 26 бакинских комиссаров были собраны В. Л. Чайкиным в феврале — марте 1919 года в Закаспийской области. В. А. Чайкин был видным юристом, членом центрального комитета партии эсеров и членом Всероссийского Учредительного собрания, избранным по спискам эсеров от Туркестана. Будучи не согласен с тактикой своей партии, осуждая вооруженную борьбу эсеров против Советской власти, Чайкин вышел из центрального комитета этой партии. Более месяца он находился в Закаспийской области, где старался установить фактические обстоятельства расправы над бакинскими комиссарами и выяснить, принимал ли кто-либо из членов его партии, входивших в закаспийское «правительство», участие в этом убийстве.
Чайкин довел до сведения мировой общественности факт зверской расправы английских империалистов и их прислужников, правых эсеров, над бакинскими революционерами. Он направил письмо в Лондон на имя спикера палаты общин, в котором сообщал об участии капитана Тиг-Джонса в организации убийства бакинских комиссаров. Чайкин требовал незамедлительно принять меры к расследованию этого преступления. Его действия встречали всяческую поддержку со стороны большевиков.
Фактические обстоятельства расправы над бакинскими комиссарами, роль в этой кровавой акции правых эсеров, установленные Чайкиным в ходе его расследования, имели существенное значение в разоблачении Фунтикова.
Получив разрешение на свидание с Фунтиковым и Седых — непосредственным участником убийства бакинских комиссаров. Чайкин дважды, 1 и 2 марта 1919 года, встречался с ними в Ашхабадской тюрьме. В первое посещение Фунтиков и Седых ничего не говорили Чайкину об обстоятельствах казни комиссаров. 2 марта Седых сказал ему, что он и Фунтиков «в курсе всего».
В течение часа, изредка прерываемый замечаниями Седых, Фунтиков рассказывал об обстоятельствах убийства комиссаров. Затем он записал свои показания и передал их Чайкину.
Фунтиков указал, что расстрел бакинских комиссаров произведен по предварительному соглашению между главой английской миссии в Ашхабаде Тиг-Джонсом и членами закаспийского «правительства». Причем он, Фунтиков, «об этом предстоящем деле был осведомлен, но не считал возможным помешать этому... Этот предварительно решенный расстрел по настоянию английской миссии должен был быть объяснен для населения официальным документом миссии о сдаче комиссаров англичанам в Мешеде...». Представитель английской миссии в Ашхабаде Тит-Джонс говорил Фунтикову лично еще до расстрела комиссаров о необходимости расправы с ними, а когда это совершилось, выражал удовлетворение, что расстрел осуществлен «в соответствии с видами английской миссии».
