Всем подсудимым было предъявлено обвинение в совершении государственных преступлений, предусмотренных главами «О преступлениях против священной особы государя императора и членов императорского дома» и «О бунте против власти верховной и о государственной измене» Уложения о наказаниях уголовных и исправительных в редакции 1866 года (далее – Уложение о наказаниях), а именно ст. 241, 242, 243 и 249 (Михайлов, помимо указанного, обвинялся также в преступлении, предусмотренном ч. 2 ст. 1459 Уложения о наказаниях в редакции 1878 года). Основная фабула предъявленных обвинений сводилась к тому, что подсудимые:
1) вступили в тайное сообщество – «Русскую социально-революционную партию», имеющее целью свергнуть посредством насильственного переворота существующий в империи государственный и общественный строй, причем преступная деятельность этого сообщества проявилась в ряде посягательств на жизнь императора, убийств и покушений на убийство должностных лиц и вооруженного сопротивления властям;
2) принадлежа к этому сообществу и действуя для достижения его целей, они решили между собой и с другими лицами лишить жизни императора, для чего:
а) из подвальной лавки в доме № 56—8 по Малой Садовой был проведен подкоп под улицу с устроенным в нем аппаратом для взрыва динамита при проезде государя императора и
б) 1 марта 1881 года при проезде императора Александра Николаевича по набережной Екатерининского канала Рысаков бросил взрывчатый снаряд под императорскую карету, последствием чего был взрыв; последовавший второй взрыв, произведенный другим участником сообщества, и причинил государю тяжкие ранения, повлекшие его кончину. При этом Желябов, замыслив преступление, руководил подготовкой к нему и склонил к нему Рысакова; Перовская, по задержании Желябова 27 февраля, не только сменила его, но и руководила совершением покушения; Тимофей Михайлов участвовал в приготовлениях, а также находился на месте преступления, вооруженный метательным снарядом; Гельфман была хозяйкой конспиративных квартир, в которых происходили совещания и подготовка преступления; Кибальчич изобрел и изготовил четыре метательных снаряда, в результате взрыва одного из них императору были причинены телесные повреждения, от которых он вскоре скончался.
Дополнительно подсудимые обвинялись в иных покушениях на жизнь Александра II, а именно: Желябов – в покушении 18 ноября 1879 года близ города Александровска, Перовская – в покушении 19 ноября 1879 года близ Москвы, Кибальчич – в покушении близ Александровска и подготовке покушения около Одессы осенью 1879 года.
