В XVI–XVIII веках читатели особенно ценили также религиозно-этический трактат Эразма «Руководство христианского воина» (1504), переведенный на ряд европейских языков, в том числе и на русский в 1783 году. Здесь, как и в ряде других произведений, посвященных вопросам нравственности и веры, Эразм борется за «евангельскую чистоту» первоначального христианства, отвергая «языческое» поклонение святым и культ обряда, осмеивая суеверие и формализм предписаний «внешнего христианства», – то, что составляло основу могущества католической церкви. Признавая существенным для христианства лишь «дух веры», а не ритуал, Эразм вступает в противоречие с ортодоксальной теологией. Богословские работы Эразма вызывали поэтому самые страстные и ожесточенные споры и давали противникам немало поводов обвинять его во всех ересях.
Главным трудом своей жизни Эразм считал исправленное издание греческого текста Нового завета (1516) и его новый латинский перевод. Этим тщательным филологическим трудом, в котором текст Священного Писания освобожден от вкравшихся на протяжении веков ошибок и произвольных толкований, Эразм нанес удар авторитету церкви и принятого ею канонического латинского текста Библии (так называемой Вульгаты). Еще существеннее то, что в комментариях к своему переводу и в так называемых «парафразах» – толкованиях книг Священного Писания – Эразм применял научные методы исторической критики, указывал на связь Библии с древнееврейскими нравами и придерживался прямой интерпретации вместо аллегорического или казуистического толкования, присущего схоластам. Подвергая сомнению аутентичность отдельных книг и выражений и обнажая противоречия текста, он подготавливал почву для позднейшей рационалистической критики Библии.
Эразм оспаривал авторитеты позднесредневековой схоластики и в противовес им неустанно издавал труды первых отцов Церкви. Восстановление девяти томов сочинений св. Иеронима стоило Эразму, по его собственному замечанию, больше труда, чем автору их написать. Это возвращение к первоисточникам было формой движения вперед, как любил говорить Гегель, так как множило в умах сомнение в бесспорности установленных догм, относительно которых, как оказывалось, колебались сами отцы Церкви. Но тем самым Эразм обосновывал принцип самой широкой терпимости в вопросах веры, которые – за исключением немногих самых общих положений – должны были, по его мнению, стать частным делом убеждений каждого верующего, делом его свободной совести и разумения. Призывая своих последователей переводить Библию на новые языки и оставляя за каждым верующим право самому разобраться в Священном Писании, как единственном источнике веры, Эразм здесь, как и в изучении античности, открывал, по его собственному выражению, «доступ в святую святых всякому рядовому христианину, а не только первосвященникам» теологии.
