Война застала Эрнандеса на посту редактора основанной им в 1932 году ежедневной газеты на тагальском языке «Мабухай» («Да здравствует»), в которой печатались многие его стихотворения и публицистические статьи. В годы оккупации он работал в театре «Метрополитен», вел антияпонскую пропаганду, используя политику поощрения оккупационными властями тагальского языка и вытеснения английского. А. Эрнандес был тесно связан с силами филиппинского антияпонского Сопротивления. При этом заслуги его оказались столь значительными, что впоследствии ему было присвоено звание майора.
После изгнания японских оккупантов и провозглашения 4 июля 1946 года независимой суверенной Филиппинской республики Амадо Эрнандес с головой уходит в общественную деятельность, жертвуя подчас литературными занятиями. Став президентом Конгресса рабочих организаций, он решительно и упорно отстаивает интересы и права филиппинских рабочих. В 1947 и 1948 годах Эрнандес избирается советником манильского муниципалитета, Как говорил тогдашний мэр филиппинской столицы, Эрнандес «был одним из немногих советников, чьи руки оказались незапятнанными…».
Усиление реакции в конце 40-х годов, когда филиппинских берегов достиг дух маккартизма, оказалось для Эрнандеса роковым: его обвинили в «мятеже против законного правительства», в поддержке национально-освободительной армии, руководимой коммунистами, и во многих прочих «грехах». Шесть долгих лет — с 1951 по 1956 год — провел он, приговоренный первоначально к пожизненному заключению, в филиппинских концентрационных лагерях и тюрьмах самого строгого режима. Но и в застенках поэт продолжал творить, умудряясь добывать и надежно прятать бумагу и огрызки карандашей, о чем сам потом вспоминал с гордостью. Именно в тюрьме в 1952 году Эрнандес завершил обширную поэму «Свободный народ», посвященную борьбе филиппинцев против японских захватчиков. Там же написал большой цикл стихов, которые затем вошли в его лучшую книгу избранной поэзии. Стихи Амадо преодолевали тюремные стены и ограждения из колючей проволоки. Палачам так и не удалось вырвать у него признание в том, что он якобы передал партизанам-хукам мимеограф. Во многих странах мира развернулась массовая кампания за освобождение филиппинского поэта. «Спасем Амадо Эрнандеса!» — провозгласил в 1952 году Назым Хикмет в одной из своих статей, — ему была особенно близка судьба его филиппинского собрата. Под давлением мирового общественного мнения в 1956 году филиппинские власти вынуждены были согласиться на условно-досрочное освобождение Эрнандеса, однако только в 1964 году Верховный суд Филиппинской республики окончательно прекратил возбужденное против него дело.
