Кносс связывали с Тесеем и Минотавром и значительно позже, когда минойская культура прекратила существование. Подтверждают эту версию деньги, в частности серебряная монета из Кносса, датируемая 500–413 гг. до н. э. На ней с одной стороны изображен бегущий Минотавр, а с обратной — лабиринт. На другой монете встречаем голову Ариадны на фоне лабиринта. Особенно популярны изображения Минотавра и лабиринта были в римский период. Кносский лабиринт запечатлен на многих мозаичных рисунках того времени. Несомненно, наиболее впечатляющим из них является рисунок V в., найденный на римской вилле недалеко от современного Зальцбурга (на западе Австрии). Впрочем, некоторые исследователи считают, что легенда о Минотавре не имеет отношения к архитектуре Кносского дворца. Они обращают внимание на различия лабиринта, состоящего из одного прохода от центра, и лабиринта со множеством ходов. Вероятно, речь идет о лабиринте с одним проходом, который является символом таинств жизни и смерти. Эта версия связана с религиозным ритуалом, в котором Минотавр, ожидающий в центре лабиринта, олицетворяет собой некую тайну, хранящуюся в сердце каждого из нас.
История об афинских юношах и девушках, которых отправляли в Кносс, чтобы принести в жертву Минотавру, всегда считалась просто мифом. Однако археологические находки отчасти подтверждают эту жуткую легенду. В 1979 г. в фундаменте северного крыла Кносского дворцового комплекса были обнаружены 337 человеческих костей. Установлено, что это кости по крайней мере четырех человек, причем детей. При дальнейшем изучении были выявлены ужасающие подробности: на 79 из них остались отметины, сделанные острым клинком. Специалист по костям Льюис Бинфорд утверждает, что следы оставлены при отделении плоти. Руководствуясь предположением, согласно которому снятие мяса с костей было частью похоронной церемонии (отделялась не вся плоть, а только крупные куски), профессор классической археологии бристольского университета Питер Уоррен, который участвовал в раскопках, пришел к заключению, что дети, по-видимому, были принесены в жертву и даже съедены.
Всего в 4,3 мили к югу от Кносса в состоящем из четырех залов святилище Анемоспилия (первые раскопки здесь были проведены Дж. Сакелларикасом в 1979 г.) была обнаружена еще одна находка, свидетельствующая о принесении человеческих жертв. При осмотре западного зала дворца археологи нашли три скелета. Первый принадлежал 18-летнему юноше, лежащему на правом боку на алтаре в центре комнаты со связанными ногами и бронзовым кинжалом в груди. Возле алтаря когда-то находилась колонна, вокруг основания которой располагался сток, по-видимому, предназначенный для того, чтобы в него стекала кровь жертвы. Исследование костей погибшего молодого человека показало, что он умер от потери крови. В юго-западном углу комнаты были найдены останки 28-летней женщины, распластавшейся на полу, а возле алтаря — скелет длиной 5 футов 9 дюймов, принадлежащий мужчине в возрасте до 40 лет. Руки этого человека были подняты так, словно он пытался защититься, а ноги сломаны упавшей каменной кладкой. В здании был найден еще один скелет, поврежденный настолько, что идентифицировать его не представляется возможным. Храм был уничтожен огнем около 1600 г. до н. э., возникшим, вероятно, в результате землетрясения. Очевидно, эти трое человек погибли под обломками крыши и каменной кладки наружных стен, а юноша к тому моменту скорее всего был мертв.
