В «Цветах Библии» Меноккио мог прочитать о «первых сотворенных в мире существах, которыми были ангелы, и поскольку они были сотворены из самой что ни на есть благородной материи, они исполнились гордыни и были изгнаны со своих мест». Но он мог прочитать также и следующее: «И отсюда следует, что природа подначальна Богу, как молот и наковальня подначальны кузнецу, который мастерит то, что пожелает — будь то меч или нож или иное подобное; но хотя он не может обойтись без молота и наковальни, тем не менее не молот сделал эти вещи, но их сделал кузнец», С этим, однако, Меноккио не мог согласиться. Созданная им картина мира с ее принципиальным материализмом не оставляла места для Бога-творца. Существования Бога он не отрицал, но это был далекий Бог — подобный хозяину, который поручил свои владения заботам управляющих и «работников».
Далекий и в то же время близкий — воплотившийся в стихиях, тождественный мирозданию. «Я думаю, что весь мир, то есть воздух, земля и все красоты мира — это Бог...; ведь говорится, что человек создан по образу и подобию Божию, а человек — это воздух, огонь, земля и вода, и отсюда следует, что воздух, земля, огонь и вода — это Бог».
И отсюда следует: в очередной раз мы видим, с какой поразительной легкостью Меноккио извлекал из находящихся под рукой текстов — из Писания, из «Цветов Библии» — то, что диктовала ему его собственная логика.
В разговорах с односельчанами Меноккио ограничивался куда более жесткими формулировками. «Что такое Господь Бог? В Писании один обман и предательство, а если Бог есть, почему он никому не показывается?»; «что, по-вашему, Бог? Бог — это малое дуновение и все то, что люди воображают»; «что такое этот Святой Дух?... нет никакого Святого Духа». Когда в ходе процесса ему предъявили это заявление, сообщенное свидетелем, Меноккио не мог сдержать негодования: «Никогда такого не было, чтобы я говорил, что Святого Духа не существует; наоборот, если я во что и верю, так это в Духа Святого — это слово Божие, которое просвещает весь мир».
Налицо явное противоречие между показаниями жителей Монтереале и показаниями самого Меноккио на процессе. Можно его разрешить, объяснив поведение Меноккио во время суда страхом, желанием смягчить приговор инквизиции. «Настоящим» Меноккио в таком случае был бы тот, кто в разговорах на улицах Монтереале отрицал существование Бога, а Меноккио на суде — обманщиком. Но такое объяснение встречается с серьезными трудностями. Если Меноккио действительно хотел утаить от судей самые свои крамольные мысли, почему он так настойчиво говорил о смертности души? Почему упорно продолжал отрицать божественность Христа? И вообще, исключая отдельные недомолвки на первом заседании, кажется, что поведение Меноккио во время процесса определялось чем угодно, но только не осторожностью.
