Неронов был назначен протопопом Казанского собора. Он ввел в практику проповеди - "речи с толкованием", к росписи храма добавил надписи - краткие изречения христианских истин - "поучительные словеса" и, как пишет современник, "мног народ прихождаху... в церковь отовсюду".
Но в окружении царя Алексея Михайловича появился новый, более жесткий церковный реформатор - митрополит Новгородский Никон, ставший позже патриархом. Сначала он вошел в кружок "ревнителей благочестия", затем повел против его членов интриги. По его навету была осуществлена расправа над "ревнителями благочестия", они были изгнаны из Казанского собора, многие подверглись пыткам и казням. Все это описано в известном "Житии протопопа Аввакума, им самим написанном".
Будучи публичной кафедрой духовной церковной реформы, Казанский собор также неоднократно становился местом публичной демонстрации гражданских политических акций.
Подчеркнутым вниманием к святыням Казанского собора, частым посещением служб в нем пыталась найти поддержку народа в своих претензиях на власть царевна Софья Алексеевна.
За иконой в Казанском соборе было обнаружено и прочитано народу "подметное письмо", послужившее началом стрелецкого бунта.
У Казанского собора произошло событие, которое стало первым решительным шагом Петра I к трону. 8 июля 1687 года на Летнюю Казанскую состоялся традиционный крестный ход. Нести икону взяла царевна Софья, имевшая титул "правительницы" при малолетних братьях-царях, но пятнадцатилетний Петр, заявив, что он царь, потребовал от сестры передать икону ему, а самой покинуть процессию. Она отказалась, тогда Петр ушел с площади. Это было объявлением открытой борьбы, завершившейся свержением Софьи.
Но было бы совершенно неправильно сводить роль Казанского собора к арене политических интриг и борьбе амбиций. Они захватывали сравнительно небольшой круг.
Зато постоянной и всенародной оставалась память о том, что собор возведен в честь народной победы, и таким же непреходящим и всенародным было почитание его святыни - чудотворной иконы Казанской Божией Матери, хранительницы каждого человека и всей России. Об этом и молитва ей:
"Со страхом, верою и любовью припадающе пред честною иконою Твоею, молим Тя: не отврати лица Твоего от прибегающих к Тебе, умоли, милосердная Мати, Сына Твоего и Бога нашего, Господа Иисуса Христа, да сохранит мирну страну нашу..."
Широко расходились вести о чудесах, явленных иконой Казанской: исцелениях, исполнении желаний. Священники Казанского собора вели летопись этих чудес. В соборной библиотеке, среди прочих, хранилась рукопись "Сказание о чуде от иконы Казанской Божьей Матери", которая, кроме того что служит свидетельством о чуде, является выдающимся произведением древнерусской словесности, известном по курсам древнерусской литературы под названием "Повесть о Савве Грудцыне".
