После первых успехов проповеди на помощь Схарии из Литвы под видом купцов приехали проповедники Иосиф Шмойло-Скаровей и Моисей Хануш. С их помощью число тайно обращенных значительно увеличилось. Веру «жидовствующих» переняло немало знатных прихожан лукавых попов, к ним присоединился кое-кто из городских чиновников. Таким образом, в руках «жидовствующих» оказались многие рычаги власти в Новгороде, серьезные денежные средства и обширные связи, простиравшиеся в Литву, Киев и Крым, где сильны были общины караимов.
Все эти события происходили на фоне острейшей политической борьбы двух новгородских политических группировок, одна из которых тяготела к Великому княжеству Литовскому, вторая к Великому княжеству Московскому. Члены секты «жидовствующих» относились к «промосковскои» партии, поскольку победа «литовского лобби» привела бы к возможности унии с католической церковью, а стало быть, вероятным становился приход в новгородские пределы католической инквизиции, главной целью которой как раз и становились сектанты, проповедовавшие антихристианские доктрины. Таким образом, часть новгородской светской и духовной элиты, входившая в круг «жидовствующих», стали своего рода «агентами влияния Москвы», когда в 1471 году великий князь Иван III объявил «общерусский крестовый поход на Новгород», собрав под свои знамена разные войска русских земель.
Вопреки всеобщим ожиданиям московский князь пошел на Новгород летом, хотя прежде москвичи всегда воевали с новгородцами зимой, когда морозы сковывали землю и делали проходимыми болота Новгородчины, в свое время остановившие нашествие монголов. Дерзкий замысел князя имел успех — то лето выдалось засушливым, и через болота оказалось легко пройти.
Сорокатысячное новгородское ополчение было разгромлено московскими воеводами на берегах реки Шелонь, в плену оказались многие знатные новгородцы. После еще нескольких боев сопротивление новгородцев было подавлено, в августе воюющие стороны подписали перемирие, фактически уничтожавшее независимость Новгородской республики, которую понудили разорвать отношения с Литовским княжеством и выплатить московскому князю колоссальную контрибуцию размером в 15,5 тысячи рублей. Цена крестьянского двора в то время составляла два-три рубля. Новгород признал себя вотчиной московского князя, дав ему право суда над новгородцами.
Такое положение дел не могло удовлетворить новгородскую элиту, но она уже не могла опираться на военную силу, а потому ее поражение было предопределено. Великий князь Иван расправился со своими политическими оппонентами, а часть потенциально опасных людей — около пятидесяти семейств — вывез в московские пределы, распределив их на жительство по разным местам вокруг своей столицы.
