Для партии Софьи черные времена наступили зимой 1483 года, когда во время свадебных гуляний по случаю женитьбы наследника князя Иоанна Васильевича, его сына от первого брака княжича Ивана Ивановича Молодого на Елене, дочери молдавского и волшского господаря Стефана IV, после одного из пиров в Кремле захворал и умер татарский князь Карачук, наследник касимовского царевича Данияра, бывшего «в чести» у великого князя. Когда выяснилось, что придворный врач Ивана Васильевича, немецкий доктор Антон, на пиру «для смеху» подсыпал в кубок Карачука какого-то зелья, а когда тому стало худо, не смог спасти его, великий князь страшно разгневался! Смерть первой жены произвела на него очень сильное впечатление, а потому идиотская шуточка немца-доктора, обернувшаяся столь печальными последствиями, пробудила в князе сущего изверга. Изначально он распорядился выдать Антона на расправу касимовскому царевичу, но, узнав, что тот, взяв с доктора большой «окуп», отпустил его, распорядился схватить «шутника» снова и отвести его на двор Данияра, передав тому, что князь хочет смерти виновника. Видя, что спорить с князем не стоит, царевич велел своим людям прикончить лекаря — того вывели на москворецкий лед под мостом и там «зарезали как овцу».
В октябре 1483 года у князя Ивана Ивановича родился сын, при крещении нареченный Дмитрием. Великий князь, несказанно обрадованный рождением внука, по обычаю, собирался одарить невестку, решив поднести ей «саженье» — драгоценное ожерелье из фамильных драгоценностей великих князей Тверских, отданных за первой женой князя в качестве приданого. Но сколько ни искали это ожерелье в кремлевских скарбницах, нигде его не могли найти, а потом выяснили, что княгиня Софья самовольно передала его своей племяннице Марии Андреевне, которую выдали замуж за князя Верейского Василия Михайловича Удалого.
Свою дочь принц Андрей Фомич привез в 1480 году и вскоре уехал обратно в Рим, а приданое племяннице обеспечивала тетка. Тогда же выяснилось, что тверское саженье не единственная пропажа — княгиня тайно переправляла братьям значительные суммы денег и драгоценности, которые те проматывали. В Москве не было секретом, что Андрей Фомич, номинально обладавший правами на византийский престол, вел в Риме вызывающе разгульный образ жизни и совершенно погубил свою репутацию, женившись на знаменитой римской проститутке. Эти родственнички и так были великому князю что бельмо на глазу, а как выяснилось, что они еще и пользовались его сокровищницами, гневу Ивана Васильевича не было предела. Зная его норов, князь и княгиня Верейские не стали рисковать и, бросив все, ударились в бега, найдя убежище в Литве. Московский князь гневался на них еще очень долго и, заключая договоры с соседями, специально оговаривал, чтобы их не принимали в своих владениях. Был он недоволен и женой, но все же помиловал ее, хотя в их отношениях наступило некоторое охлаждение.
