На основании судебного разбирательства дела Военный трибунал установил: предварительным следствием Бегебе предъявлено обвинение в том, что он, являясь командиром подводной лодки Б-37, преступно-халатно относился к исполнению своих служебных обязанностей, систематически нарушая требования Корабельного устава и наставлений Военно-морского флота.
11 января 1962 года вопреки требованиям ст. ст. 271 и 272 КУ ВМФ ушел с корабля сам и отпустил командира электромеханической боевой части (БЧ-5) подводной лодки инженер-капитан-лейтенанта Якубенко. В результате этого оставшиеся на корабле старший помощник командира капитан-лейтенант Симонян и командир моторной группы инженер-лейтенант Тагидний, не допущенные к самостоятельному управлению кораблем, не могли обеспечить полноценное руководство по осмотру и проворачиванию оружия и технических средств.
Во время возникшего на подводной лодке 11 января 1962 года около 8 часов 20 минут пожара Бегеба не выполнил долг командира, как это предусмотрено ст. 156 Корабельного устава ВМФ и ст. 13 Наставления по борьбе за живучесть подводной лодки (НБЖ ПЛ-61).
Зная, что в лодке осталось много людей, в главный командный пункт лодки он не спустился, обстановку не выяснил, личный состав на борьбу за живучесть корабля не возглавил и занялся выполнением второстепенных, не столь важных в создавшейся обстановке вопросов и, по существу, самоустранился от командования кораблем
Личный состав, лишенный руководства и не подготовленный к борьбе за живучесть корабля в сложных условиях, не мог организовать свои усилия в этом направлении и устремился в сторону кормы, ища спасения.
От происшедшего вскоре взрыва погибло большое число людей и затонули 2 подводные лодки: Б-37 и стоявшая с нею рядом С-350.
В нарушение ст. 126 Корабельного устава Бегеба недостаточно осуществлял контроль за боевой подготовкой личного состава, за состоянием организации службы, оружия и технических средств, вследствие чего на подводной лодке Б-37 по вине личного состава имели место 2 аварии: в 1960 году – попадание воды в боевую торпеду и вывод ее из строя и в 1961 году – попадание воды в аккумуляторную батарею. Кроме того, Бегеба не проявил надлежащей требовательности к своему старшему помощнику капитан-лейтенанту Симоняну в части сдачи им зачетов на допуск к самостоятельному управлению кораблем.
В суде Бегеба показал, что 11 января 1962 года перед подъемом флага Якубенко доложил ему о необходимости сходить на судоремонтный завод № 10 по делам службы, и Бегеба согласился с этим, однако разговора о том, чтобы Якубенко сошел с корабля для этой цели во время проворачивания, не было.
