Несомненной заслугой С.Т. Шацкого является также разработка форм и методики организации экспериментальной работы. Педагогика как самостоятельная, имеющая свой предмет исследования научная дисциплина нуждалась в разработке методов получения фактического материала в соответствии с общенаучными процедурами. Его стиль научной работы характеризуется высокой требовательностью к качеству проведения исследований, обязательным соблюдением признанных коллективом правил и форм получения фактического материала. Он всегда требовал «быть чрезвычайно осторожными в выводах, ибо мы все время должны иметь в виду невероятную сложность условий, в которых протекает наш опыт». Вклад его школы в теорию и эмпирический базис российской педагогики во многом определяется высокой требовательностью к научной работе, стремлением создать построенный на достоверном фактическом материале, научный, основанный на жизненной фактуре эмпирический фундамент.
С.Т. Шацкий особо отмечал влияние, которое на него оказали педагогические опыты и взгляды Л.Н. Толстого. Основная сила его педагогики, писал С.Т. Шацкий в статье «Толстой-педагог», заключается в целостном подходе к педагогической деятельности: он все время имеет в виду связное единение частей педагогического дела, их взаимодействие. Станислава Теофиловича привлекало в практике Яснополянской школы то, что учитель относился к ученику как к человеку, у которого есть серьезное дело, свои мысли, запросы: учитель и ученик работают совместно над общим делом.
Учитель всегда был для С.Т. Шацкого важнейшей фигурой педагогической работы, поэтому понятны его постоянная требовательность и непреходящее внимание к учителю. Считая непременным требованием к учителю внимательное и всестороннее изучение им воспитанника, указывал, что педагога должен интересовать не только результат работы ученика, но и сам процесс отношений, который складывается между педагогом и учеником. Он обосновывает необходимость использовать вопросы, обращенные к детям, не только для проверки знаний, но также и для выяснения интересов, затруднений, сомнений, возникших у учеников в процессе их деятельности. Так как ребенок – организм растущий, то и сам педагог в этих условиях не может останавливаться в своем научном и профессиональном росте. «Педагог – общественник с широким горизонтом, педагог – организатор своего дела, организатор детской жизни, педагог – умелый наблюдатель и исследователь – вот тот тип, которого требует новая школа», – писал С.Т. Шацкий.
