В ходе дальнейшего сосредоточения судоподъемного дела в одних руках в марте 1930 года в состав ЭПРОНа ОГПУ передается Центральная водолазная база НКПС с ее водолазной школой в Ленинграде, а также Севастопольскими ремонтно-производственными мастерскими. На базе ЦВБ в Ленинграде формируется Гидротехническое бюро ЭПРОНа.
В январе 1931 года Совет труда и обороны принимает решение упразднить Госсудподъем НКПС с одновременной передачей ЭПРОНа из ведения ОГПУ в этот наркомат. В феврале того же года ЭПРОН переходит во вновь созданный Народный комиссариат водного транспорта. С этого времени он становится всесоюзной организацией, сохраняя свою военную структуру. Управление ЭПРОНа преобразуется в главное управление наркомата и переводится в Ленинград. В Москве сохраняется представительство ЭПРОНа. В январе 1932 года оно переименовывается в Московское отделение ЭПРОНа и в последующем принимает на себя выполнение всех подводно-технических работ в стране.
Для обеспечения районов Нижней Волги и северной части Каспийского моря в начале 1932 года формируется Астраханская партия. Тогда же создается Отдельная дальневосточная партия. В ее зону вошли бассейны морей, омывающих наши дальневосточные рубежи, а также Амур с его притоками и реки Восточной Сибири.
Таким образом, к 1932 году все районы страны были охвачены сферой деятельности ЭПРОНа. Однако его организационное совершенствование на этом не остановилось. Ведущие партии на морях в последующем преобразуются в экспедиции, а остальные партии — в отряды.
В составе Главного управления была сформирована служба связи во главе с опытным инженером и умелым организатором А. А. Новицким. Центральная эпроновская радиостанция в Ленинграде несла круглосуточную вахту и на аварийной волне могла непосредственно принимать сигналы бедствия с кораблей, находившихся в плавании.
В результате всех преобразований новая организационная структура ЭПРОНа выглядела следующим образом: Главное управление (Ленинград); Северная экспедиция (Мурманск) с подчиненным ей Архангельским аварийно-спасательным отрядом; Балтийская экспедиция (Ленинград); Черноморская экспедиция (Севастополь) с подчиненными ей Новороссийским и Одесским аварийно-спасательными отрядами; Каспийская экспедиция (Баку) с подчиненным ей Астраханским аварийно-спасательным отрядом; Тихоокеанская экспедиция (Владивосток); Московская экспедиция (Москва), переименованная впоследствии в Экспедицию центрального района; Военно-морской водолазный техникум (Балаклава).
