В «Истории войны» говорится, что основными причинами этого поражения являлись неправильная организация обороны, неглубокое оперативное построение войск фронта и отсутствие необходимых для обороны резервов. В качестве других причин указывается: «…беспечность штабов фронта и армий, недостаточно маскировавших командные пункты и не менявших периодически место их нахождения, способствовала тому, что немецкая авиация при первом же налете разбомбила эти пункты, нарушила проводную связь и управление войсками. К использованию радиосвязи штабы не были подготовлены».
После поражения командующий фронтом генерал-лейтенант Козлов и член Военного совета Мехлис, равно как и много других офицеров и комиссаров, были сняты с постов и понижены в звании.
Керченская катастрофа способствовала падению Севастополя, так как против него начали наступать все немецкие войска, расположенные в Крыму. В середине июня пали все укрепленные районы на подступах к Севастополю и центр города лежал открытым перед наступающими. В последние июньские дни немцы организовали наступление на внутренний пояс обороны города. Тяжелые батареи немцев заняли новые огневые позиции, а атаки самолетов разрушали одну линию долговременных огневых точек за другой. Все батареи немцев 1 июля открыли массированный огонь по укреплениям и по выявленным опорным пунктам. В этот день Приморская армия поспешно оставляла крепость и город и отводила свои уцелевшие части к берегу моря. Там защитников Севастополя должны были ожидать корабли Черноморского флота, чтобы переправить их на Кавказ. Но корабли не пришли. Остатки Приморской армии, сражавшиеся до этого, были оттеснены на полуостров Херсонес. Немецкие отряды до 4 июля выискивали последних красноармейцев, прятавшихся в пещерах крутого берега.
Гитлер планировал на лето 1942 г. развернуть наступление и нанести удар не на всех стратегических направлениях, как это было в начале войны, а на одном, южном крыле фронта. Фашистское командование перебросило из оккупированных стран Европы, а также из самой Германии на советско-германский фронт дополнительные силы. В результате им удалось не только восполнить потери, понесенные в предыдущей кампании, но и увеличить состав войск на 40 дивизий.
Ставка Верховного Главнокомандования советских войск предусматривала весной и в начале лета продолжать стратегическую оборону с целью завершить начатую реорганизацию и переоснащение их новой техникой, подготовить резервы, с тем, чтобы с лета 1942 г. развернуть новое наступление. План предусматривал также проведение ряда наступательных операций на отдельных направлениях от Баренцева до Черного моря с общей задачей улучшить положение войск в определенных районах фронта.
