Второй период начинается приблизительно с первой четверти IX столетия и тянется вплоть до второй половины XIX века, официально до 1868 года, момента переворота Мэйдзи. За эти с лишком десять веков своего существования синтоизм успел пережить очень сложную и богатую историю, превосходно отражая в своей области все то, что творилось в культурной и политической жизни японского народа в целом.
Эпоха Нара (VIII в.) ознаменована первым расцветом японского буддизма, расцветом, подготовленным еще деятельностью принца Сётоку-тайси (573—620), этого ревностного насадителя в своем отечестве света буддийского вероучения. Последующая эпоха Хэйап (XI—XVII вв.), с ее двумя мощными буддийскими сектами Тэпдай и Сннгон, знаменует собою дальнейшее усиление и укрепление буддизма в Японии. Эпохи господства самураев — Камакура (XII—XIV вв.) и Муромати (часть XIV, весь XV и отчасти XVI в.) приносят с собой новый расцвет буддизма, с новыми сектами — особенно Дзэн — во главе. И такое внедрение буддизма не могло не отразиться на судьбах Синто; достаточно примитивный склад синтоистического мировоззрения, столкнувшись с высокоразвитым и детально разработанным буддийским учением, неминуемо подпал под его воздействие. Начался процесс проникновения буддизма в синтоизм и постепенной трансформации этой национальной религиозно-мифологическо-бытовой системы наряду с трансформацией — под влиянием китайской и буддийской цивилизации — и всей культуры Японии в целом. Таким образом, второй период Синто прежде всего может быть обозначен как эпоха буддизированного синтоизма. Его идеологическая основа — так называемая «Хондзи-суйдзяку-сэтцу», теория единства японских национальных богов с божествами буддизма: например,
Аматэрасу — это Вайрочана. Его систематическое оформление — религиозная система Рёбу-синто. Его основоположники — Дэнгё-дайси и Кобо-дайсп.
Однако так — только с одной стороны. Синтоизм, подпавший под влияние буддизма, в свою очередь, не мог избегнуть и влияния второго иноземного культурно-идеологического фактора — китаизма в виде конфуцианства. Особенно заметно это было в те времена, когда такое конфуцианство пользовалось особым значением в Японии, иначе говоря — в эпоху Токугава. Правящее сословие этой эпохи, преисполненное презрением к буддизму, не понимавшее как следует свой родной, попавший в плен к буддизму синтоизм, полностью отдавалось конфуцианскому умозрению, конфуцианской философии, с ее рационалистическим характером и утилитаристическими тенденциями. Сунская школа и особенно система Чжу-цзы стали краеугольным камнем их мировоззрения.
