Структурно Лиссабонский договор состоит из преамбулы, семи статей, 14 протоколов и Заключительного акта межправительственной конференции.
В отличие от проекта Конституционного акта (европейской Конституции), Лиссабонский договор, согласованный лидерами государств и правительств стал компромиссом между странами, ратифицировавшими текст европейской Конституции, и странами, которые не поддержали документ или не начали процесса ратификации. В Договоре сохранено немало элементов европейского Конституционного договора, однако отсутствуют само понятие «Конституция ЕС» и государственные символы Союза (прежде всего, флаг и гимн ЕС). В частности, Договор предусматривает учреждение должности Президента Европейского Совета, который будет избираться сроком на два с половиной года (с правом на повторное избрание). Президент Европейского Совета будет осуществлять функции председателя на заседаниях главного межгосударственного института ЕС и обеспечивать непрерывность и последовательность его работы. Пост Постоянного Президента Европейского Совета придет на смену нынешней модели ротационного председательства государств – членов ЕС.
Как отмечает Л. М. Энтин, в соответствии с рассматриваемым Договором, в Европарламенте вводится принцип «двойного большинства», которое означает, что за принятие того или иного решения должны проголосовать минимум 55 % депутатов, представляющих не менее 65 % населения ЕС. В принятии общеевропейских решений больше не будет соблюдаться принцип единогласия: теперь они могут быть приняты большинством голосов. При этом отдельные страны имеют возможность наложить на то или иное решение «вето» только в том случае, если этим правом захотят воспользоваться не менее четырех стран. Кроме того, численность европейских комиссаров и депутатов Европарламента должна быть сокращена. Депутатов Европейского парламента останется 751, включая спикера (в данный момент – 781 депутат), а Еврокомиссия не будет более формироваться по принципу «одна страна – один еврокомиссар». Теперь в Еврокомиссии будут представлены лишь две трети государств ЕС. Принцип полугодичного председательства одной из 27 стран – членов ЕС будет отменен. Вместо этого вводится пост Президента Евросоюза. Кроме того, Европейский Союз получает фактического министра иностранных дел, который, однако, не имеет права так называться: его пост сохраняет название «уполномоченного». Он автоматически становится вице-президентом Еврокомиссии и получает в свое распоряжение не только административный, но даже военный ресурс: отдельное управление и 20 тыс. солдат так называемого Еврокорпуса
