В Сибири, в том числе и на Алтае, Шишков провел более 20 лет, забираясь с изыскательскими партиями в самые отдаленные, дикие уголки, именно здесь начался его писательский путь. И позднее он любил повторять, что тайга-матушка сделала его писателем, научила понимать природу и человека.
Начав сотрудничать в сибирских изданиях – «Сибирская жизнь», «Минусинский край», «Жизнь Алтая», «Алтайский альма-нах», где появляются его очерки и рассказы «Бабушкино горе», «Первый блин», «По Чуйскому тракту» и др., Шишков вскоре печатается и в столичных журналах.
В 1915 г. Шишков уезжает из Сибири в Петербург, чтобы вплотную заняться литературной деятельностью. 14 лет (с 1918 по 1933 гг.) Шишков работает над романом «Угрюм-река», одним из самых любимых произведений читателей. Этот роман по праву вошел в сокровищницу русской литературы. Интерес к этой книге и сегодня огромен.
Следующим этапом писательской деятельности Шишкова было создание героической эпопеи о крестьянском вожде Емельяне Пугачеве. В 1935 г. он работает над эпопеей «Емельян Пугачев», книга осталась незаконченной.
Умер Шишков в Москве 6 марта 1945 г.
«Я люблю Алтай крепко, с каждым днем – годом любовь моя растет», – писал Шишков. А вот строки из его письма к А.М. Ремизову 5 июля 1914 г.: «Алтай очень хорош. Я давно люблю его. Хочется воспевать его, прославить его, но где мне взять звучных струн, где взять мощь и красоту слова».
В Бийске имя В.Я. Шишкова носит библиотека, также есть улица его имени. В Барнауле Алтайская краевая универсальная научная библиотека носит имя В.Я. Шишкова.
В 1973 г. на 468 км дороги М-52 установлен мемориальный знак В.Я. Шишкову, выполненный барнаульским скульптором П. Мироновым.
В районе памятного знака есть хорошие места для отдыха. В летнее время здесь работают киоски по продаже сувениров, книг, украшений. Организованы прокат лошадей, фотографирование с верблюдом, установлен уголок с муляжом мамонта. В районе мемориального знака В.Я. Шишкову находится археологический памятник Чултуков Лог. В раскопках комплекса обнаружены находки времен быстрянской, пазырыкской, каракобинской культур. В одном из курганов было обнаружено захоронение женщины, в состав сопроводительного инвентаря которой входили бронзовый нож, проволочные серьги, фрагменты нескольких железных заколок, а также довольно редкая находка – ожерелье из стеклянных и хрустальных бус, которые впоследствии окрестили «бусы Клеопатры». В урочище Чултуков Лог есть археологический памятник: оросительный канал – сувак*.
