Планы менялись неоднократно. Наконец высадку назначили на 21 декабря. Однако 19-го числа сложилась критическая ситуация в Севастополе, и туда были отправлены подготовленные для десантной операции 345-я стрелковая дивизия и 79-я стрелковая бригада. Пришлось наскоро готовить другие, менее боеспособные соединения, а саму операцию перенесли на пять суток. Из-за того что занятые в перевозке войск в Севастополь суда не могли освободиться и к этому сроку, планы поменяли еще раз. В почти окончательном виде они стали выглядеть так. В ночь на 26 декабря Азовская флотилия высаживала войска 51-й армии в пяти местах на северном берегу Керченского полуострова от Ак-Моная до Еникале, Керченская ВМБ – также в пяти местах на восточном берегу от Старого Карантина до коммуны Инициатива, т. е. южнее Керчи. Непосредственно Черноморский флот высаживал один полк от 44-й армии у горы Опук на южном берегу полуострова. Через три дня высаживался десант 44-й армии непосредственно в Феодосийский порт. После наращивания сил на захваченных плацдармах отрезанный от основных сил противник на Керченском полуострове уничтожался.
Выделенные на замену убывшим в Севастополь войска в массе своей не имели боевого опыта, не были обучены действиям ночью. В оставшееся время с ними провели несколько тренировок (в основном ночью) по посадке на суда с последующей высадкой.
Подготовка к операции протекала сложно. Из-за постоянного изменения планов и состава сил невозможно было качественно составить планы посадки войск и другие документы. Ошибкой с далекоидущими последствиями стало отсутствие четкой организации командования. В частности, не назначили командиров высадки в многочисленных отрядах АВФ и Керченской ВМБ. Велась усиленная разведка, но результат ее работы оказался спорным. Оценка группировки противника оказалась ошибочной (две немецкие дивизии и две румынские кавбригады с двумя танковыми батальонами, фактически – одна дивизия без чего-либо, напоминавшего танки). Дислокация войск и система обороны побережья осталась нераскрытой. Аэрофотосъемку пунктов высадки не провели с неубедительной ссылкой на постоянно плохую погоду.
Для перевозки и высадки войск в Азовском море были собраны четыре парохода, семь буксиров, пять самоходных шаланд, 11 барж, 55 сейнеров и до 150 байд и лодок. От самой АВФ должны были участвовать 17 единиц. Однако из-за ледостава пришлось использовать только те плавсредства, которые успели сосредоточиться в Темрюке. Керченская ВМБ сосредоточила 37 сейнеров, три буксира, две баржи и болиндер. На период операции ей были приданы 29 торпедных катеров и шесть малых охотников.
