В немецком плане нападения на СССР (директива верховного главнокомандования вермахта (ОКВ) № 21 от 18 декабря 1940 г., известная как «план Барбаросса») и на состоявшемся 4 февраля 1941 г. в ставке А. Гитлера совещании по военно-морским вопросам никакого конкретного плана действий на Черноморском театре не предлагалось. Главком немецкого ВМФ гросс-адмирал Э. Редер лишь высказывал просьбу дать указания командованию люфтваффе нанести внезапные удары по советским военно-морским базам, а также обязать Румынию и Болгарию осуществить необходимые мероприятия по защите устья Дуная и своего черноморского побережья. Именно задача обороны побережья от возможных вражеских десантов была поставлена перед румынской морской дивизией командованием ВМС Румынии оперативным приказом № 44 от 21 июня в качестве главной.
В апреле 1941 г. ОКВ подготовило тезисы к докладу о значении Черного моря и проливов в операции «Барбаросса». Планировалось оборонять румынское и болгарское побережье береговыми батареями и минными заграждениями, особенно в районе портов Бургас, Варна и Констанца. Последняя представляла особый интерес, так как соседствовала с нефтеносным районом Плоешти, имела большой нефтяной терминал и являлась морскими нефтяными воротами стран «оси». Немецкое командование считало группировку Красной армии в Северном Причерноморье небольшой по численности и не представлявшей угрозы для нацеленной на Украину группы армий «Юг». Главный удар немецко-румынских войск предполагалось нанести значительно севернее черноморского побережья. Поэтому морские перевозки в Черном море могли быть радикально сокращены. Немецкое командование не планировало проводить каких-либо специальных операций по захвату ВМБ Черноморского флота, считая, что отступавшие советские войска не окажут серьезного сопротивления. До момента захвата советских баз планировалось снизить активность кораблей ЧФ при помощи демонстративного минирования самих баз и подходов к ним.
Разведывательное обеспечение действий противника на театре было довольно слабым. Более-менее оперативно поступали данные радиопеленгования советских кораблей, а сведения воздушной разведки советских баз и коммуникаций, осуществлявшейся самолетами 4-го воздушного флота, поступали с запозданием. Дешифровальная служба направляла свои материалы в штаб военно-морской группы «Юг», которая непосредственно ведением боевых действий на театре не занималась и своим подчиненным штаба эти сведения не передавала. В результате немецкая разведка оставалась в полном неведении планов советского командования, лучшим подтверждением чему стала неожиданная для противника эвакуация войск Одесского оборонительного района в октябре 1941 г.
