Чуть раньше Пепеляев, давно не бывавший в тылу, прибыл на родину, в Томск, и увидел, что «генералитет не представляет ужасного положения на фронте, общество подавлено, единодушия никакого, власть адмирала вызывала лишь насмешки».
8 декабря на станции Тайга, где от Транссибирской магистрали отходит ветка на Томск, Пепеляев арестовал Сахарова, расценивая его поведение как «преступное», задержал поезд Верховного правителя и при поддержке брата Виктора вырвал у него обещание передать власть Земскому съезду. Он еще надеялся, что при «народовластии» красные признают автономию Сибири, можно будет договориться с ними о перемирии, но контакты с представителями большевистского подполья показали несбыточность этих надежд.
Из сорокатысячной армии Пепеляев привел в Томск пять-шесть тысяч бойцов, не желавших идти дальше. «Войска продолжали отход, – писал он, – но мои части, в большинстве сформированные из местностей Средней Сибири, оставались на местах, будучи скованы семейным положением». Последним приказом по армии он объявил о ее роспуске и покинул Томск с теми, кто решил продолжать борьбу – таких набралось около восьмисот человек. Они по-прежнему в него верили, хотя он признавал: «Мое имя было скомпрометировано, меня обвиняли в левизне, в предательстве».
На выезде из города Пепеляев едва не погиб: рабочие-сцепщики заложили бомбу между вагонами и взорвали ее, когда эшелон пошел на подъем. Взрывом отделило последние два вагона, в одном из которых находился командарм. Разгоняясь, они двинулись под уклон, чтобы, как рассчитывали подрывники, на большой скорости налететь на идущий сзади бронепоезд, но тот, к счастью, отстал, машинист сумел остановить паровоз всего в нескольких шагах от докатившихся до ровного места и потерявших инерцию хвостовых вагонов.
После падения Омска отступление превратилось в бегство. Фронт рухнул, в тридцатиградусные морозы войска и беженцы эвакуировались по забитой эшелонами Транссибирской магистрали. Не хватало паровозов, а для имевшихся не было угля, возникали растянувшиеся на десятки верст пробки. Составы сутками простаивали на запасных путях или на перегонах между станциями. Рассказывали жуткие истории о застывших в тайге, занесенных снегом поездах, набитых окоченелыми трупами пассажиров.
За Красноярском магистраль была в руках у красных, дальше пропускали только чехословацкие эшелоны. Остатки колчаковских армий уходили в Забайкалье пешком, но Пепеляев свалился в сыпном тифу и был оставлен на станции Клюквенная, где ему могли обеспечить хоть какой-то уход. Здесь метавшегося в бреду командарма подобрал и взял к себе в вагон незнакомый чешский офицер.
