Софья сидела в Кремле, не в силах остановить непрерывный исход к Троице, и ею овладевало отчаяние. В последней попытке покончить дело миром, она решилась сама поехать в монастырь и встретиться с Петром. С Голицыным и Шакловитым, в сопровождении стрельцов, она двинулась к Троице. Но по пути в селе Воздвиженском ее уже встречал друг Петра, Иван Бутурлин, и отряд солдат с заряженными пищалями. Выстроив людей поперек дороги, Бутурлин приказал регентше остановиться. Он сказал, что Петр не желает ее видеть, запрещает допускать ее в Троицу и велит ей немедленно возвращаться в Москву. Возмущенная этой дерзостью, Софья заявила: «Я все равно поеду к Троице!» – и приказала Бутурлину и его солдатам уйти прочь с дороги. В этот момент подъехал еще один из сторонников Петра, молодой князь Троекуров, с распоряжением царя ни в коем случае не пропускать его сестру, даже если для этого понадобится применить силу.
Подавленная и униженная Софья сдалась. Возвратясь в Кремль перед рассветом 11 сентября, она собрала редеющий кружок своих приверженцев. Она была на грани истерики: «Чуть меня не застрелили! В Воздвиженском прискакали на меня многие люди с самопалами и луками. Я насилу ушла и поспела к Москве в пять часов. Затевают Нарышкины с Лопухиными извести царя Иоанна Алексеевича, и до моей головы доходит. Соберу полки и буду говорить им сама. Вы послужите нам, к Троице не уходите. Я верю в вас! Кому и верить, как не вам, старым? Пожалуй, и вы побежите! Целуйте лучше крест! – И Софья каждому протянула крест для целования. – Теперь, если вы попробуете перебежать, крест вас не пустит. Если из Троицы принесут грамоты, сами не читайте. Несите их во дворец».
Завладев инициативой, Петр и его советники не собирались ее упускать. Через несколько часов после возвращения Софьи в Москву из Троицы прибыл полковник Иван Нечаев с грамотами к царю Ивану и регентше Софье. В них объявлялось о существовании заговора против жизни царя Петра и были поименованы главные заговорщики, Шакловитый и Медведев – предатели, которых следовало на месте арестовать и доставить в Троицу, к Петру на суд.
Грамоты эти, врученные дворцовому подьячему у подножия Красной лестницы, вызвали потрясение, волной прокатившееся по всему дворцу. Чиновники и офицеры, стоявшие за Софью в надежде, что она либо победит, либо добьется компромисса, теперь ясно поняли, что впереди их ждет крах или смерть. Даже стрельцы, которые не совсем потеряли преданность регентше, заворчали, что не станут покрывать предателей и что заговорщиков надо выдать. Софья велела привести полковника Нечаева, доставившего столь некстати царские грамоты, и на него обрушилась вся буря ее ярости. Трясясь от бешенства, она спросила: «Как смел ты взять на себя такое поручение?» Нечаев отвечал, что не решился ослушаться царя. В неистовстве Софья приказала отрубить ему голову. К счастью для Нечаева, в эту минуту не нашлось палача, а потом в суматохе о полковнике забыли.
