На первоначальном этапе своей деятельности районные охранные отделения сыграли немалую роль в разгроме партийных организаций, партийных комитетов, координации деятельности сыскных служб на местах. Их успехи подняли престиж розыскной деятельности среди властей, создали иллюзию возможного разгрома революционных организаций.
Однако возникли и сложности. По мере роста вмешательства районных охранных отделений в деятельность местных полицейских властей их взаимоотношения с работниками ГЖУ стали всё более осложняться. Не помогали и периодически издаваемые Департаментом циркуляры с напоминанием о необходимости совместных усилий в борьбе с силами революции и обязательного взаимного информирования. Чиновники районных охранных отделений порой не проявляли должного такта в отношении своих губернских коллег. Жалобы и недовольство часто приводили к конфликтам и кляузам, которыми приходилось заниматься Департаменту полиции. С 1909 года деятельность районных охранных отделений ослабевает, что было в значительной мере связано с затишьем в деятельности революционных организаций.
В.Ф. Джунковский, назначенный в январе 1913 года товарищем министра внутренних дел, заведующим полицией, поднял вопрос о целесообразности существования охранных отделений. К этому времени Департамент полиции постепенно начал упразднять охранные отделения в тех местностях, «где в таковых не имелось острой необходимости за подавлением революционных движений». Часть охранных отделений была объединена с губернскими жандармскими управлениями. Объединение происходило в тех губерниях, где начальник ГЖУ был достаточно подготовлен в деле розыска. Проводя эти мероприятия, Департамент полиции обосновывал их «государственной пользой», однако, как считали некоторые чины полиции, главная причина была в том, что Департамент не находил «иного выхода из создавшегося положения», когда между ГЖУ и охранным отделением начинались явно «ненормальные» отношения. В своих воспоминаниях В Ф. Джунковский подробно пишет о своём отношении к охранным отделениям. «Будучи ещё губернатором в Москве, — пишет Джунковский, — я всегда отрицательно относился к этим, возникшим на моих глазах, районным охранным отделениям вообще и, в частности, к таковому Московского центрального района, наблюдая все отрицательные стороны этого новшества. <…> Все эти районные и самостоятельные охранные отделения были только рассадниками провокации; та небольшая польза, которую они, быть может, смогли бы принести, совершенно затушёвывалась тем колоссальным вредом, который они сеяли в течение этих нескольких лет»
