В мае 1898 года в чине поручика он переходит в Корпус жандармов. Первоначально Заварзин служит адъютантом в Бессарабском ГЖУ, с августа 1899 года адъютантом в Таврическом ГЖУ, где получил чин штаб-ротмистра. Через несколько месяцев, в мае 1900 года, его переводят помощником начальника Волочисского отделения Киевского жандармско-полицейского управления железной дороги. В конце года, в декабре, он получает чин ротмистра. В июне следующего года его переводят на должность начальника Лубенского отделения Московского-Киевского жандармско-полицейского управления, а через два года прикомандировывают к Бессарабскому ГЖУ и назначают на должность начальника только что созданного Бессарабского охранного отделения.
На следующий год, с июня 1904 года, его переводят на должность помощника начальника Могилёвского ГЖУ в Гомельском уезде. Революционные события 1905 года в России и драматическая ситуация в Одессе требовали укрепления этого района опытными кадрами, знакомыми с этим городом и обстановкой. Поэтому Заварзина, не прослужившего и месяца в его новой должности, переводят в Одессу начальником охранного отделения, а с 7 июля 1905 года он возглавляет Донское областное охранное отделение, 11 августа 1906 года его переводят начальником отделения по охранению общественной безопасности в г. Варшаве[15].
Служба в Варшаве продолжалась почти три с половиной года. Это был довольно сложный период деятельности Заварзина, так как революционные организации в Варшаве были очень сильны, у них хорошо была поставлена конспирация.
Опираясь на свой уже достаточно большой опыт, Заварзин смог эффективно использовать работу секретных сотрудников, работавших в Варшавском охранном отделении. К сожалению, Заварзин очень скупо рассказывает о своей секретной агентуре, упоминая в основном лишь тех, кто погиб до революции.
Успешное осуществление политического сыска в Кишинёве, Одессе, Ростове-на-Дону и особенно в Варшаве обеспечило Заварзину репутацию специалиста высокого класса, и в конце 1909 года он был назначен начальником Московского охранного отделения (подполковник с 6 декабря 1906 г.)[16].
Заварзин явился инициатором создания Инструкции Московского охранного отделения по организации и ведению внутренней агентуры. В её основу была положена секретная Инструкция Департамента полиции, изданная в 1907 году. Причиной, побудившей его написать «свою» инструкцию, была та, что инструкция Департамента была издана в ограниченном числе экземпляров и разослана лишь начальникам восьми районных охранных отделений. Многие начальники ГЖУ её видели только из рук руководителей районной охранки. Инструкция была строго засекречена, поскольку боялись, что она может попасть в руки революционеров, которые раскроют все «хитрости» «охранки».
