23 октября 1881 года в Серпухове внезапно скончался главный учредитель Товарищества Иван Яковлевич Прохоров. В ноябре того же года начала свою работу новая фабрика, а на фабрике в Серпухове, напротив, производство прекращается.
Преемниками дел Трехгорной мануфактуры становятся сыновья Ивана Яковлевича – Сергей и Николай
Ивановичи Прохоровы. Эти два представителя династии Прохоровых были больше общественными и государственными деятелями на промышленном поприще, нежели фабрикантами-промышленниками в узком значении этого слова. Сергей Иванович умер в 1899 году, но успел сделать немало полезного для развития фабричного дела в стране. В частности, он объявил конкурс на создание лучшего способа очистки сточных вод. Победителю полагалось вознаграждение в три тысячи рублей. Это было в конце XIX века и это была одна из первых в России попыток борьбы за чистоту окружающей среды.
Его брат – Николай Иванович – в сентябре 1912 года со всей семьей был возведен Высочайшим указом в дворянское сословие. Он скончался в 1915 году и был похоронен на Ваганьковском кладбище.
Считая научный подход необходимым для правильного развития промышленного дела, братья в 1882 году открыли на фабрике научную химико-аналитическую лабораторию, которую возглавил один из лучших их университетских преподавателей Миллер. Любопытно, что в Прохоровской лаборатории было совершено несколько важных научных открытий. Так были продолжены традиции серьезного и вдумчивого подхода к делу, заложенные их прадедом. Многие процессы отделки хлопчатобумажных тканей были поставлены на научные основы. Внимание к деталям, изучение тенденций рынка, умение пользоваться благоприятными обстоятельствами и не теряться в трудных ситуациях, совершенствование технического оснащения – все это было присуще представителям рода Прохоровых на протяжении нескольких поколений.
Рост производственных мощностей, повышенный спрос на отличную продукцию Товарищества Прохоровых подталкивало к дальнейшему развитию. В 1895 году была выстроена бумагопрядильная фабрика и расширена ткацкая. Постоянно совершенствовалось техническое оснащение предприятий. Например, в 1890-х годах на Трехгорной фабрике уже работало 716 станков с кареткой Добби, 664 станка с машиной Жаккарда, 75 станков для выпуска бумазеи и других тканей для начеса и 64 станка для выработки тканей гроденаплевого (полотняного)переплетения.
В 1899 году, Торговый дом был преобразован в паевое товарищество Прохоровской Трехгорной мануфактуры.
