Когда в сентябре суда бывшей Армады начали понемногу прибывать в испанские порты, стали известны размеры потерь. Вернулось не более пятидесяти судов, шестьдесят были потеряны навсегда. Погибло не менее 20 тысяч матросов и солдат.
Адмирал Грегорио де лас Алас умер на борту своего галеона, до последней минуты пытаясь поддерживать раненых, покупая им на свои деньги лекарства и пищу. Мужественный адмирал Хуан Мартинес де Рекальде агонизировал и умер среди своих тифозных матросов, которых он отказался покинуть. Также среди своих матросов умер и адмирал Окендо. Испанская хроника гласит, что он умер "от позора, тоски и печали, не сказав ни слова, отказавшись принять на смертном одре даже жену и исповедника".
Фантастическая по тем временам сумма в 1400 миллионов реалов, затраченная на снаряжение и вооружение Армады, пошла прахом. Вся Испания погрузилась в траур. Чтобы прекратить охватившую страну истерию, король был вынужден особым эдиктом ограничить время траура тридцатью днями и служить молебен исключительно по ближайшим родственникам.
Медина-Сидония "возвратился совсем седым, хотя отправлялся в поход черноволосым". Приступы лихорадки повторялись ежедневно, он бредил и метался на постели. Когда на берегу Медину-Сидонию спросили, где же его флот, герцог был предельно кратким:
— Армада перестала существовать!
Из итогового письма Медины-Сидонии королю Филиппу: "Господь всеведущ, и, ежели поход кончился так, а не иначе, значит, на то была Его воля… Армада была расстроена до крайности, и главной заботой оставалось уберечь ее от еще больших потерь, даже рискуя столь дальним путем по неведомым широтам… Армада королевы оказалась лучше нашей в тактике баталии, дальности стрельбы и маневре, в то время как Армада Вашего Величества превосходила ее в густоте аркебузного и мушкетного огня. Однако до рукопашного боя дело не дошло ни разу, и достоинства сии пребывали втуне".
Король отстранил герцога от командования флотом, и тот вернулся в свой замок в порту Святой Марии. В дороге он боялся выглянуть из кареты, так как толпы людей осыпали его проклятиями, а мальчишки бросали камни.
Потери английского флота были незначительны. Не был потоплен ни один корабль, число убитых не превышало 100 человек. Но распространившаяся на кораблях страшная болезнь уносила сотни жизней. Причина ее осталась неизвестной. Матросы считали, что болезнь была вызвана прокисшим пивом. Так или иначе, но четыре-пять тысяч матросов и солдат погибли от нее после того, как война закончилась.
