В конечном итоге Сенат так и остался полностью зависимым, что дало право флигель-адъютанту императора С.Н. Марину написать такие строки:
…Там люди для парада,
Расшит чтоб был кафтан, а головы — не надо.
И без нее дела доныне там решат…
СВЯТЕЙШИЙ СИНОД
Изменениям подвергся и Святейший синод, членами которого состояли митрополиты и архиереи. При Александре представители этого высшего духовенства уже не собирались, а вызывались на заседания по выбору главы Синода, которым стал гражданский чиновник в звании обер-прокурора. Права последнего были значительно расширены (с 1803 по 1824 год место обер-прокурора занимал князь Александр Николаевич Голицын — друг юности императора, ставший с 1816 года также и министром народного просвещения).
С 1813 года был сменен весь личный состав Святейшего синода кроме митрополита Амвросия (в миру Андрея Ивановича Подобедова), да и самому ему стоило немалого труда удержаться на месте.
Самым ценным его помощником и поддержкой в это время был Филарет (в миру Василий Михайлович Дроздов), новое яркое светило православной церкви. Он был сыном коломенского дьякона и родился в 1782 году. В 1812 году его определили ректором Санкт-Перебургской духовной академии, и он оставался там до 1819 года, радикально модернизировал программу преподаваемых дисциплин. А в июле 1817 года, по представлению митрополита Амвросия, ему было поведено быть епископом Ревельским с оставлением за ним должности ректора академии. Как видим, митрополит Амвросий принял Филарета под свое особое покровительство и не ошибся.
А тем временем манифестом от 24 октября 1817 года было создано сдвоенное Министерство духовных дел и народного просвещения с А.Н. Голицыным во главе, и Святейший синод был поставлен в его ведомстве совершенно в такое же положение, как католическая коллегия, духовные управления армян, евреев и других иноверцев. В довершение всего князь Голицын передал свою обер-прокурорскую должность другому лицу, князю Петру Сергеевичу Мещерскому, поставив его себе в прямое подчинение, так что обер-прокурор стал представлять в Синоде не самого императора, а лишь одного из его министров.
Долготерпение Амвросия наконец кончилось, и он высказался против князя Голицына. После этого он был признан несоответствующим своему посту и в марте 1818 года освобожден от управления Санкт-Петербургской епархией. Его удалили в Новгород с титулом митрополита Новгородского и Олонецкого. А через два месяца, в мае 1818 года, он скончался, и на его место назначили черниговского архиепископа Михаила Десницкого. Но и тот вступил в конфликт с А.Н. Голицыным, долго жаловался на него Александру I и скончался в марте 1821 года.
