Но взять Мильготина с поличным тогда не удалось.
Говорят, что к тому времени Попов не ладил со своим начальником Игорем Ермаковым, а тот был в приятельских отношениях со следователем Следственного комитета МВД Сергеем Новоселой, который и возглавлял следственную бригаду по делу Мильготина.
Попова обвинили в том, что он информировал Марика о ведущихся против него оперативных мероприятиях, а после его ареста за две тысячи долларов рассказывал его жене Ольге, как ведется следствие. В августе 1994 года во время встречи с Ольгой Мильготиной Попова и арестовали. В кармане у него нашли 500 долларов, которые, по его словам, ему сунула Мильготина. Однако этот эпизод в обвинение не вошел, так как Попов полгода был на пенсии, и этот факт не мог расцениваться как взятка должностному лицу. Но майору вменили получение от Мильготиной двух тысяч долларов в период службы. Она и ее подруга, которая присутствовала во время их свидания, дали необходимые показания. Как потом вспоминала Мильготина, на них надавили, поэтому они так поступили.
Кроме того, при обыске в доме Попова нашли незарегистрированный охотничий карабин и 47 граммов гашиша, которые он хранил уже пять лет как «наглядное пособие». Попова сразу обвинили по двум статьям: незаконное хранение оружия и наркотиков. Его делом сначала занялся Следственный комитет МВД. Однако Попову удалось добиться, чтобы дело передали в Главную военную прокуратуру. Постепенно обвинение стало рассыпаться. А в январе 1995 года, накануне дня рождения Попова, следователь освободил его под подписку о невыезде. Через месяц Преображенский суд выпустил под подписку и Марика Мильготина.
Дело Попова перешло в ФСК. Чекист заявлял, что его подставили, и признавал себя виновным лишь в хранении наркотика. Мильготин, в свою очередь, признавал только факт одной-единственной встречи с Поповым, на которой последний пытался его запугать. Удалось узнать, что Одинцовский гарнизонный суд признал Попова виновным во всех предъявляемых ему обвинениях и приговорил к четырем годам лишения свободы. В августе того же года Московский военный суд снизил срок наказания до трех лет, сняв с Попова ряд обвинений.
Марик Мильготин после освобождения под подписку о невыезде поселился на квартире у своей дочери в центре Москвы. В том же подъезде жил известный ассирийский авторитет Эдуард Хачатуров по кличке Крыса. Вскоре Хачатуров был застрелен прямо рядом с дверьми квартиры Мильготина. В связи с этим Марика несколько раз вызывали на допрос в качестве свидетеля по делу об убийстве Хачатурова.
