Шперрле занимал высокие должности и играл выдающуюся роль в организации Люфтваффе после решения Гитлера открыто противостоять союзникам и денонсировать Версальский, договор, по которому Германии запрещалось иметь ВВС.
9 марта 1935 года Гитлер заявил всему миру о существовании Люфтваффе. Шперрле был среди первых армейских офицеров, официально переведенных в ВВС. Первоначально он оказался во главе авиасоединений 2-го авиаокруга (Luftkreis 2). Хорошую службу ему сослужил его летный опыт, давший Шперрле огромное преимущество над большинством офицеров.
Ему было присвоено звание генерал-майора. 1 октября 1935 года он был назначен командиром 5-го авиаокруга, штаб-квартира которого находилась в Мюнхене. Шперрле был одной из ведущих фигур в Люфтваффе, когда разразилась гражданская война в Испании.
Для Германии эта кампания началась 26 июля 1936 года, когда делегация генерала Франциско Франко, командующего силами мятежников, прибыла в Берлин.
Поскольку верный правительству флот не давал ему возможности пересечь Средиземное море, Франко испытывал отчаянную нужду в транспортных самолетах для переброски своих войск из Марокко на материк, в Испанию. Геринг с энтузиазмом отнесся к этому мероприятию, и в тот же день Гитлер дал согласие снабдить профашистских мятежников двадцатью самолетами Ju.52 вместе с экипажами. Первоначально германскую военную миссию в Испании возглавлял оберстлейтенант Вальтер Варлимонт, но в конце октября Гитлер решил, что ситуация требует отдельной части Люфтваффе. Она получила название - легион "Кондор",{2}. и его первым командиром был назначен Хуго Шперрле. Под фамилией "Сандерс" 31 октября он прибыл для активизации деятельности вверенного ему подразделения.
Новая авиачасть Шперрле на первых порах состояла из эскадрильи бомбардировщиков, эскадрильи истребителей, эскадрильи "летающих лодок" и одной тяжелой и одной легкой зенитной батарей.
Хотя Шперрле официально получил задание поддерживать сухопутные части мятежников, он подчинялся лично генералу Франко и, таким образом, заправлял фалангистским воздушным флотом. Будучи командиром легиона "Кондор", он проводил важные эксперименты по боевой тактике. Большая часть тактических разработок Люфтваффе, примененных во второй мировой войне, была опробована именно в Испании.
Первоочередной обязанностью Шперрле была поддержка сухопутных сил мятежников. Ему удалось отличиться многими способами. 15 ноября он лично руководил атакой, в результате которой была уничтожена военно-морская база республиканцев в Картахене, вынудившей флот неприятеля уйти в море, чтобы избежать уничтожения; он также разработал план сражения за Мадрид, которое могло положить конец войне если бы не некомпетентность командира итальянского корпуса генерала Марио Роатта. Шперрле также был первым разработчиком концепции авианалетов для устрашения. В Гернике его бомбардировщики убили сотни мирных испанских граждан, засыпав город взрывчатыми веществами сильного действия, в то время как его истребители с бреющего полета расстреливали разбегавшихся в панике мирных жителей, что было явным нарушением законов войны.
