В 1939-1940 годах, во время "странной войны", Фердинанд Йодль служил на Западном фронте. Во время Французской кампании он продвинулся до начальника штаба XII корпуса, и 1 ноября 1940 года ему было присвоено звание оберста. За неделю до этого он получил должность начальника штаба только что созданного XLIX горнострелкового корпуса, которому было поручено захватить Гибралтар. Но ОКХ воспротивился этому плану, и план, в конце концов, был отменен. В апреле 1941 года XLIX корпус был использован при вторжении в Югославию, где принял участие в тяжелых боях. Потом его перебросили на Восточный фронт, где он сражался у Львова, в Уманском котле, в Сталине, в Миусах, затем принимал участие в захвате Ростова, который позже пришлось оставить. Во всех операциях Йодль проявил себя талантливым штабным офицером. 14 января 1942 года он стал начальником штаба 20-й горнострелковой армии Эдварда Дитля, которая в это время находилась в Лапландии. 1 сентября 1942 года Йодль получил повышение, ему было присвоено звание генерал-майора.
Служба в суровых условиях тундры после трех лет активных боевых действий не могла не подорвать здоровья Йодля, и 2 марта 1943-го он покинул пост начальника штаба горнострелковой армии и более года лечился. Тем не менее, 1 сентября 1943 года он получил повышение, став генерал-лейтенантом. К своим обязанностям Йодль вернулся 15 мая 1944 года, уже в качестве командующего XIX горнострелковым корпусом в Лапландии. 1 сентября 1944 года он стал генералом горнострелковых войск.
Во время операции "Нордлихт" - отступление в Северную Норвегию из Северной России и Финляндии, Фердинанду Йодлю пришлось провести свою самую трудную за всю войну кампанию. Имея только 2-ю и 6-ю горнострелковые дивизии, одну сборную дивизию, несколько батальонов службы безопасности и гарнизоны укрепрайонов, Йодль смог благополучно отвести свой корпус, несмотря на непрерывные атаки шести советских дивизий и десяти отдельных бригад{24}. Но из материально-технической части он сумел спасти только треть, все остальное пришлось уничтожить или бросить. 1 декабря 1944 года. после отступления вдоль Северного Ледовитого океана в Северную Норвегию, Йодль был назначен исполняющим обязанности командующего Нарвикским районом, куда входили XIX и XXXVI горнострелковые корпуса. Война на северном театре фактически закончилась, и Йодль оставался ответственным за этот относительно спокойный сектор до конца войны. В мае 1945 года он сдался союзникам.
