Однако советские лидеры последовательно «сдавали» своих афганских сторонников, и в 1990 году министр иностранных дел СССР Эдуард Шеварднадзе подал предложение о ликвидации работы Комиссии Политбюро по Афганистану, которое было вскоре одобрено. А после развала СССР президент «новой России» Борис Ельцин не только подтвердил отказ правительства уже Российской Федерации от какой-либо помощи правительству Афганистана, но и фактически отдал его на расправу афганской оппозиции. С другой стороны, продолжение поставок моджахедам оружия, боеприпасов и пр. со стороны США, активная поддержка последними оппозиционеров на идеологическом, пропагандистском и даже дипломатическом уровнях — предопределили падение правительства Наджибуллы.
18 марта 1992 года Наджибулла предложил передать власть переходному правительству и 16 апреля оставил свой пост. Незадолго до захвата Кабула моджахедами Наджибулла успел с доверенными лицами переправить супругу Файтану Гайлани с тремя дочерьми и сестру Лейли в Дели последним самолетом, сам же укрылся на территории индийского посольства, а затем — в здании представительства ООН в Кабуле. Вместе с ним остались его брат, начальник управления охраны МГБ Шапур Ахмадзай, начальник канцелярии Исхак Тухи и начальник личной охраны Джафсар.
Сменявшие друг друга в ходе гражданской войны правительства страны требовали от ООН выдачи Наджибуллы. В 1995–1996 гг. вопрос о предоставлении политического убежища Наджибулле поднимался при поддержке ООН даже Госдепартаментом США. Но это предложение не было поддержано Россией: Наджибулла, как и многие другие члены НДПА, был шокирован высказыванием, прозвучавшим в интервью тогдашнего российского министра иностранных дел Андрея Козырева, о «нежелании Москвы иметь дело с осколками прошлого афганского режима».
* * *
26 сентября 1996 после захвата Кабула силами исламского ополчения «Талибан» Наджибулла, его брат и трое других бывших членов правительства были вывезены боевиками из своего убежища. Утром 27 сентября 1996 жители Кабула проснулись от звуков барабана (в Средневековье так доводили до сведения народа решения и указы правителей), которым приглашали народ посмотреть на грядущее повешение Наджибуллы.
На его теле было заметно множество ранений и следов пыток, что косвенно подтверждает слова очевидцев о том, что сначала с Наджибуллой «встретились» представители пакистанских спецслужб и сам глава внешней разведки страны. Утверждается, что ему предлагалось подписать документы, официально признающие «линию Дюранда» (острый двусторонний спор об установлении четкой афгано-пакистанской границы), от чего экс-президент отказался. Его пытали и зверски избивали.
