Церковь не простила Феодоре ни грубого низложения папы Сильвера, ни преданности монофизитскому учению, ни насильственных мер, к которым она прибегала, чтобы наказать своих духовных противников и, в особенности, папу Вигилия.
Ей приписали даже много лишнего, в чем Она была решительно не виновата, например, дурное обращение с папой Вигилием, которому он подвергся после смерти Феодоры. Из века в век духовные историки осыпали хулами и проклятьями имя Феодоры, и в их выходках по отношению к ней есть даже немало комизма; так они называли жену Юстиниана второй Евой, слишком доступной соблазну змия, новой Далилой, Иродиадой, упившейся кровью святых мучеников, исчадьем ада, обуреваемой всю жизнь духом зла, подругой сатаны…
Без сомнения, она слишком настойчиво и страстно приводила в исполнение свои намерения, не отступая перед холодной жестокостью и насилием, но, с другой стороны, она смотрела на вещи здраво, хорошо понимала государственные нужды и служила им с энергией и умом настоящего общественного деятеля.
Сложная политика, в которой она заставила принять участие Юстиниана, была в то время настоятельной необходимостью и она с достоинством и проницательностью служила ей, как и подобает истинному правителю обширной страны.
29 июня 548 года Феодора скончалась.
Отдавая последний долг усопшей, толпа придворных и сановников собралась вокруг нее в последний раз в священном дворце. Согласно церемониалу, набальзамированное тело императрицы выставлено было в триклиниуме. На парадном золотом ложе она покоилась, одетая в пурпур, увенчанная короной; на лице ее смерть еще не успела оставить заметных следов. Более бледная, чем обыкновенно, она, казалось, спала. Вокруг высокого катафалка, на котором блестели драгоценнейшие царские регалии, горели на колоннах тысячью огней высокие драгоценные подсвечники. Воздух был пропитан запахом курений, восковых свечей, бальзамических трав. У ног последнего ложа императрицы толпились евнухи, горько плакали женщины свиты.
Последний раз перед усопшей повелительницей прошла в торжественной процессии вся Византия: патриарх Менас, сопровождаемый многочисленным соборным духовенством, папа Вигилий, окруженный прелатами и епископами, сенат в парадных одеждах, патриции, сановники, войска, длинный ряд патрицианок — жен префектов, консулов, квесторов, придворных и свитских дам. Великая процессия замыкалась принцами крови и самим Юстинианом, который плакал, уничтоженный горем потери — непоправимой, как он не без основания думал. Он принес последний подарок обожаемой им женщине: бесценные алмазы, дорогие, шитые золотом и драгоценными камнями ткани, которые должны были быть положены в могилу Феодоры, как последнее воспоминание о той роскоши и величии, которые она так любила при жизни. И, заключив в свои объятия безжизненное тело императрицы, старый базилевс рыдая прощался с Феодорой.
