Феодора с благочестивым усердием следила за постройкою здания, которое доставляло ей немало хлопот. Легенда рассказывает, что когда пришло время выкладывать собор мозаикой, Феодора вдруг увидела, что казна ее иссякла. Тогда на помощь ей пришли апостолы, во имя которых воздвигалась церковь и священные останки которых были чудесным образом найдены во время работ под каменным полом старинной базилики. Андрей, Тимофей и Лука явились ей во сне. «Не тревожься, — сказали они ей, — и не проси денег у Юстиниана. На берегу моря, близ Дексиократских врат, ты найдешь в земле двенадцать сосудов с золотом». Феодора действительно нашла будто бы на указанном месте груды монет с изображениями апостолов — лучшее доказательство божественного происхождения дара. Таким образом Феодора получила возможность закончить строительство.
Но она не дожила до его окончания. И только через два года после ее смерти совершилось торжественное освящение собора. Подобно Константину, она пожелала быть в нем похороненной, и в великолепной часовне приказала поставить две мраморные гробницы, куда поместили впоследствии два золотых гроба с останками императорской четы.
Несмотря на свое благочестие, благотворительность, усердие в делах веры, Феодора не удостоилась одобрительных отзывов церкви. В то время как многочисленные восточные историки называют ее благочестивейшей государыней, в то время, как ее сирийские друзья восхваляют ее, как боголюбивую императрицу, тогда как раздаются голоса, именующие ее ниспосланной Богом для защиты погибающих во время бури, другие, не менее многочисленные духовные писатели, осыпают ее оскорблениями и проклятиями. Это объясняется тем, что с точки зрения «православной кафолической церкви» — она была артисткой. Глубоко привязанная к патриарху Северу, она открыто проповедовала монофизитские доктрины, отвергавшие Халкедонский собор, и признавала в Иисусе Христе только одно естество. Защищая своих друзей, она не раз бросала вызов Риму и до конца дней покровительствовала своим единомышленникам. «Она подогревала усердие еретиков, поселившихся в империи», — говорит один из современных ей историков. С настойчивой пылкостью она толкала Юстиниана на путь, который избрала для себя.
С тех пор, как в пятом веке теологи задались целью объяснить, каким образом в лице Христа соединилось божественное и земное, вопрос о двух естествах Спасителя стал самым живейшим образом интересовать церковь. Напрасно в 451 году Халкедонский собор попытался с одобрения папы Льва установить по этому поводу православную доктрину, предав одинаково суровому осуждению ересь Нестория, который толковал о двух естествах во Христе, и учение Евтихия, утверждавшее об одном. Как последователи последнего — монофизиты, так и приверженцы первого отказались повиноваться постановлению собора. Монофизиты, в особенности, опираясь на главнейших своих представителей, энергичных и умных, на многочисленных последователей в Египте и Сирии, на пылких и решительных монахов, надеялись захватить со временем главенство в Византийской церкви.
