Так в Португалии появились «новые христиане», то есть крещеные евреи. Король приказал в первые двадцать лет не наказывать их за невыполнение христианских обрядов.
Самый жестокий конфликт начался в церкви Сан Домингош. Во время мессы солнечный луч упал на изображение Христа. Тут же кто-то провозгласил, что свершилось чудо — засиял Лик Спасителя. Однако один из новообращенных возразил, что это всего лишь отблеск заходящего солнца. Спор перерос в вылившуюся на площадь драку, которая закончилась смертью несогласного еврея. На шум сбежались моряки с пришвартованных португальских и иностранных кораблей. Началось избиение евреев. Во время длившегося несколько дней погрома было убито несколько тысяч евреев.
Впоследствии к уничтожению евреев присоединилась и инквизиция, учрежденная в стране в XV веке. Ее суды проходили в церкви Сан Домингош, а рядом, на площади, приговоры приводились в исполнение. Но гибли не только евреи — казнили и пытали еретиков, колдунов, неверных. По подсчетам, в XVI — XIX веках жертвами инквизиции стали около 13 000 человек.
В 1959 году в церкви произошел пожар. Внутреннее убранство сгорело дотла, а мраморные колонны и декор приобрели кроваво-красный оттенок, словно напоминая о страшных событиях многовековой давности.
