Октябрьскую революцию Клюев воспринял как новую эру «красного царства», как исполнение вековых чаяний крестьянства. Поэта смущает лишь грубая, варварская пропаганда атеизма в стране, где христианская культура имеет более чем тысячелетнюю историю:
Низвергайте царства и престолы,
Вес неправый, меру и чеканку,
Не голите лишь у Иверской заставы,
Просфору не чтите за баранку.
«Нила Сорского глас: «Земноводные братья…»
Продолжая много и вдохновенно работать, Клюев в 1919 году публикует сборник «Медный кит», в котором революционная тематика занимает видное место. Вступление в 1918 году в партию большевиков говорит об искреннем признании поэтом революции. Но постепенно в сознании поэта начинают рождаться сомнения в справедливости проводящихся в стране преобразований. Опасаясь за «тайную культуру народа», Клюев писал: «Советская власть порывает с самым нежным, с самым глубоким в народе». В письме М. Горькому он жалуется, что «революция сломала деревню». В 1922 году состоялась перерегистрация партийных кадров, и религиозно настроенный Клюев был исключен из партии.
Роковую роль в судьбе Клюева сыграла критическая статья Л. Д. Троцкого, в которой он был назван «кулацким поэтом», обвинялся в «самодовольстве и эгоизме». В середине 1923 года Клюев был арестован, но через несколько недель освобожден. На некоторое время он обосновался в северной столице, где принимал самое активное участие в литературной жизни и стал членом Всероссийского союза поэтов. К этому времени относится создание поэм «Богатырка», «Ленинград», «Плач о Сергее Есенине», «Заозерье». В 1928 году Клюев опубликовал сборник избранных стихотворений «Изба в поле». Но произведения Клюева подвергаются яростным нападкам рапповских критиков. Перед поэтом закрываются двери издательств и редакций журналов. Поэма «Погорельщина» с последовательно раскрывающейся в ней темой пожара в России («Душа России, вся в огне…») так и не была опубликована при жизни поэта. В 1931 году Клюев закончил одно из самых значительных своих произведений – поэму «Песнь о Великой Матери», которая только в 1991 году была извлечена из архивов КГБ и стала достоянием читателя. Широко трактуя образ Великой Матери, поэт соединяет в нем и мать-крестьянку, и «Матушку Россию», и Матерь Божию, и мировую душу.
В 20—30-е годы картины столь любимой Клюевым природы окрашиваются в трагические тона: появляются образы окровавленной березки, елки, разодравшей «ноженьки в кровь», или куста жимолости, обливающегося «кровью на рассвете».
