В ранний период своей деятельности Прудон интересовался практически исключительно проблемой экономической организации нового общества. Его недоверие ко всему, что касалось «политики», привело к тому, что он пренебрег проблемой территориального управления. Он довольствовался указанием на то, что рабочие должны занять место государства, сами стать государством, но он не уточнял, в каких именно формах. В последние годы его жизни «политическая» проблема, которую он рассматривает в анархистской манере, то есть снизу вверх, занимает его все больше. Люди образуют в своей среде, на местном уровне, то, что он именует естественной группой, «представляющей собой небольшой город или политическую организацию, и утверждающую свое единство, свою независимость, свою жизнь или свое собственное движение, свою автономию». «Подобные группы, расположенные в непосредственной близости друг от друга, могут иметь общие интересы; разумеется, если они уживаются и ладят друг с другом, то они объединяются для обеспечения взаимной безопасности и взаимного страхования, образуют группу более высокого уровня». Но здесь призрак ненавистного государства продолжает преследовать мыслителя-анархиста, и он пишет, что никогда, ни в коем случае, ни при каких обстоятельствах местные группы, «объединяющиеся для гарантии своих интересов и развития своего благосостояния, (…) не отступят, не принесут самих себя в жертву новому Молоху».
Тем не менее Прудон относительно четко определяет автономную коммуну. Она представляет собой, по сути, «суверенное существо» и, как таковое, «имеет право управлять сама собой, устанавливать налоги, распоряжаться своим имуществом и доходами, создавать школы для молодежи, назначать учителей» и пр. «Такова коммуна, поскольку такова коллективная жизнь, политическая жизнь. (…) Она отрицает всякие ограничения, только она сама себя может ограничивать; любое внешнее принуждение чуждо ей и представляет собой угрозу для нее».
Как уже было отмечено, по мнению Прудона, самоуправление было несовместимо с авторитарным государством; аналогичным образом и коммуна не могла сосуществовать с централизованной властью, стоящей наверху:
«Никакой компромисс невозможен. Отведите ей какую угодно, даже самую большую долю; с того момента, как она более не зависит от своего собственного права и признает некий высший закон, с того момента, как более крупная группа (…), частью которой она является, будет объявлена верховной по отношению к ней, (…) неизбежно настанет день, когда коммуна окажется в противоречии с этой группой и возникнет конфликт. А если возникает конфликт, то по логике победу одержит более сильная центральная власть, без дискуссий, без суда, без переговоров; ведь дискуссии, дебаты между начальником и подчиненным недопустимы, возмутительны, абсурдны».
