Состоявшиеся в 1993 году выборы красные кхмеры бойкотировали и вновь оказались в джунглях. На выборах победила роялистская партия Нородома Ранарита. Проигравший Хун Сен пригрозил гражданской войной. Тогда ооновские наблюдатели предложили компромисс — пусть правят одновременно два премьера: Нородом Ранарит и Хун Сен. Так сложилось хрупкое коалиционное правительство. В условиях крайне слабой и неустойчивой власти в стране процветала коррупция. В камбоджийской армии, насчитывавшей 60 тысяч человек, было 2 тысячи генералов и 10 тысяч полковников. В этой обстановке Пол Пот надеялся, что камбоджийское правительство, созданное из ненавидевших друг друга роялистов и бывших коммунистических фракционеров, развалится и путь к власти для красных кхмеров будет открыт. В 1994 году Национальное собрание объявило красных кхмеров вне закона, однако это не беспокоило их лидеров.
Но время шло, а надежды Пол Пота не оправдывались. К тому же из рядов красных кхмеров усилилось дезертирство. Правительство давало таким землю и гарантировало безопасность. Дошло до того, что в 1996 году на сторону правительства перешел Иенг Сари с отрядом в 10 тысяч боевиков. В награду власти отменили вынесенный ему заочно смертный приговор, а его бойцов зачислили в ряды правительственных войск.
Пол Пот решил положить конец «предательству» Он приказал казнить министра обороны Сон Сена, его жену и их девятерых детей. Это обеспокоило Кхиеу Самфана и командующего войсками красных кхмеров одноногого Та Мока со зловещей кличкой «Мясник». Ведь дряхлеющий «вождь» мог расправиться и с ними. Совместными усилиями они сумели изолировать Пол Пота, а в июне 1997 года даже устроили над ним суд. Этот процесс в джунглях был довольно странным. Никто не предъявлял обвинений подсудимому, никто его не защищал. Пол Пот покорно сидел, понурив голову, изредка отмахиваясь своим соломенным веером от москитов. Он был приговорен к пожизненному заключению и оказался под домашним арестом. К Пол Поту приставили охранника Нуон Ну, оставили с ним вторую жену Миа Сом и дочь Сет Сет.
Между тем давление правительственных войск на красных кхмеров нарастало. Усиливалось дезертирство из их рядов. В апреле 1998 года часть партизан взбунтовалась против Та Мока. Около трех тысяч вновь перешли на сторону правительства. Становилось очевидным, что близок конец всего движения красных кхмеров. В этой ситуации у нескольких партизанских командиров родилась мысль купить себе безопасность ценой выдачи «неуловимого» Пот Пота властям или суду международного трибунала. Однако 14 апреля Пол Пот скончался. «Умер спокойно, во сне, от сердечного приступа», — сказал Нуон Ну.
