Этот город становится центром подчиненных Чжу Юань-чжану территорий, где постепенно формируется работающий на нового господина административный аппарат. Он состоял из перешедших на службу к новым властям чиновников и ученых-конфуцианцев, которые использовали традиционные, понятные и привычные народу методы управления, но без явных злоупотреблений только на первых порах. Еще раньше, в 1353–1355 годах, при Чжу Юаньчжане появляются не только военные, но и опытные гражданские советники, такие, как Ли Шаньчан, Тао Ань, Фэн Гоюн и многие другие.
Характерно в этом отношении обращение к жителям Нанкина, приписываемое его покорителю: «Я привел сюда войска, чтобы избавить вас от смуты. Все могут спокойно заниматься своим делом, не надо сомневаться и бояться. Благородных и образованных людей, которые захотят помочь мне в великом деле, я буду использовать по обычаю. Чиновникам запрещается чинить произвол и притеснять народ». С повстанческой вольницей было покончено, в голове бывшего крестьянина и монаха зрели мысли о «великом деле».
В первую очередь порядок наводился в организации войск, их снабжении и в основе основ традиционного Китая — регулировании земледелия и налогов. Для этой цели еще в 1356 году было учреждено Управление полями (Интяньсы).
Укреплению власти Чжу Юаньчжана и его сподвижников в районе Нанкина способствовало то, что с севера их прикрывали «красные войска», с востока и запада — другие очаги сопротивления правительственным силам. Нанкинский лидер непрестанно преумножал подчиненные ему территории, а его интересы постепенно приходили в противоречие с планами других повстанческих вождей. И они, и Чжу Юаньчжан видели друг в друге конкурентов в борьбе за расширение своей власти и влияния.
В результате ожесточенных боев с соперниками, которые велись в 1360–1367 годах, Чжу Юаньчжан утвердил свое верховенство во всем Центрально-Южном Китае.
К этому времени «красные войска» на севере были ослаблены и рассеяны. Лю Футун погиб. Хань Линьэр — глава провозглашенного «красными войсками» государства Сун — намеревался встретиться с Чжу Юаньчжаном, но по тайному приказанию последнего был утоплен во время переправы через реку. Юаньский двор, в свою очередь, был изнурен длительной борьбой с повстанцами, а также внутренними распрями.
Поэтому, не дожидаясь окончательного его падения, Чжу Юаньчжан решился на важнейшее дело своей жизни: 23 января 1368 года в Китае была торжественно провозглашена новая династия Мин, основателем которой он стал. Главной столицей страны был объявлен Интянь, отныне называвшийся Наньцзин (Южная столица). Весной того же года 200-тысячная армия под командованием односельчанина нового императора полководца Сюй Да выступила на север и, отвоевав провинции Хэнань и Шаньдун, 14 сентября овладела столицей империи Юань — Даду (Пекином). Последний юаньский император и его двор бежали в монгольские степи.
