Все колчаковские стратеги до революции командовали в лучшем случае полками, а во главе армий и фронтов очутились не из-за своих военных талантов, а по причине кадрового голода на востоке России. Пепеляев тоже не военный гений, но он трезво оценивал ситуацию и умел излагать свои мысли с впечатляющей яркостью, как, например, в рапорте Колчаку после провала последней попытки Сибирских армий перейти в контрнаступление под Тобольском:
«Ставка легкомысленно пустила на убой десятки тысяч людей и теперь плетется в хвосте событий на фронте… Она не приняла во внимание, что победа в гражданской войне должна быть решительной и быстрой, но в то же время безусловной и действительной. Хождение взад-вперед в гражданской войне чревато большими опасностями.
<…>
Я не буду говорить об оперативных ошибках подробно, т. к. это будет борьба идей и мнений, в которой прав тот, кто переспорит.
<…>
Всякая армия держится офицерами. У нас на фронте их мало, в тылу – много… У армии не остается даже последнего ее резерва – офицеров, бегущих от красных, т. к. наши неудачи парализуют их стремление к переходу. Роковую роль сыграл в этом отношении приказ наштаверха № 189, в котором всех взятых (в плен. – Л.Ю.) офицеров приказано предавать суду.
<…>
Еще хуже поставлен вопрос с обмундированием и снаряжением. Люди босы и голы, ходят в армяках и лаптях… Конные разведчики, как скифы ХХ века, ездят без седел».
Своим рапортом Пепеляев впервые вмешался в политику. Он предложил Колчаку «немедленно и торжественно объявить, что отныне по всей России земля будет принадлежать тому, кто лично трудится на ней, и отойдет крестьянам без всяких выкупов». Он потребовал изменить отношение к рабочим, выплачивать деньги семьям призванных в армию, ввести пенсии за убитых, пособия по ранениям, устранить цензы при производстве солдат в офицеры, сделать штаб главнокомандующего полевым, а не сидящим безвылазно в Омске.
«Этим, – вспоминал Пепеляев, – я вызвал к себе сильную вражду высшего командования, окрестившего меня эсером».
Членом партии социалистов-революционеров он никогда не был, но за народнические убеждения его презрительно называли «мужицким генералом».
В октябре 1919 года обескровленную непрерывными боями армию Пепеляева отвели в тыл, на линию Томск – Новониколаевск. В Ставке планировали остановить красных на этом рубеже, а неудобный для обороны Омск сдать без боя, но Колчак потребовал защищать столицу. Командующий Восточным фронтом Дитерихс, принципиально с этим несогласный, подал в отставку и был заменен покладистым Сахаровым. Тот обещал отстоять Омск, но ничего не сделал ни для его обороны, ни даже для эвакуации. Успокоив Колчака, Сахаров выехал в Новониколаевск, а на следующий день в город вступили авангарды 5-й армии Тухачевского. Деморализованный тридцатитысячный гарнизон капитулировал фактически без сопротивления. Красноармейцы, заходя в правительственные учреждения, заставали на рабочих местах ни о чем не подозревающих чиновников.
