Милость государева не умалилась по-прежнему, но и поводы к неудовольствию оставались прежние, а Яворский не имел духу отстранить их откровенным объяснением; только сердился втихомолку да просился на покой. Неприятно блюстителю патриаршего престола, когда царица Марфа Матвеевна пришлет сказать ему, что в Архангельском соборе дьяконы кидают в священников воском; Стефан велит наказать виновных, посадить в заключение, а тут царица опять присылает, чтоб освободить их. Но это еще ничего, по крайней мере царица; но нестерпимо то, что боярин Мусин-Пушкин поставлен каким-то помощником, товарищем блюстителю патриаршего престола. В 1707 году холмогорский архиепископ Сильвестр был переведен в Смоленск; на его место нужно было поставить архиерея, и Стефан представил Петру, находившемуся тогда в Москве, двоих кандидатов, архимандрита троицкого и знаменского. Ни тот, ни другой не понравились, и Головкин писал Стефану, чтоб он избрал на Холмогорскую епархию из духовных особ трех или двух, которые бы были искусные, и ученые, и политичные люди: «Понеже та Холмогорская епархия у знатного морского порту, где бывает множество разных областей иноземцев, с которыми дабы тамошний архиерей мог обходиться по пристойности политично, к чести и славе Российского государства, яко же и прежде бывший Афанасий архиепископ со изрядным порядком тамо поступал». Царь отвергает кандидатов, велит выбрать других, но, что всего хуже, велит Мусину-Пушкину помогать митрополиту при этом выборе! Головкин писал Мусину-Пушкину: «К Стефану митрополиту я писал, что в том выборе будет и ваша милость вспомоществовать; а когда и кто именно те особы избраны будут, о том извольте, милость ваша, с ним, митрополитом, писать к царскому величеству, на что его величество соизволит тогда указ свой послать, кого из тех особ на Холмогоры во архиепископы посвятить». В половине года опять новое столкновение у митрополита с Мусиным-Пушкиным, который жаловался на Стефана Головкину: «В письме твоем писано, что указал великий государь протопопу Тимофею быть в Благовещенском соборе и чтоб я о том указ объявил рязанскому митрополиту, дабы переведен был благовещенский к Воскресению. И я посылал к рязанскому митрополиту с тем указом, а он сказал, что того чинить не будет, дондеже сам царское величество увидит, и велми злобится на меня, будто все то я промыслом своим делаю. И так во нраве своем переменился, приехав из Киева, что никто угодить не может».
