Между братством, получившим такие права, и между епископом Гедеоном, ревнивым к своей власти, тотчас же начались столкновения; дело дошло до константинопольского патриарха Иеремии, тот взял сторону братства и в ноябре 1587 года писал Гедеону: «Мы судили, истинно испытали и нашли в тебе убийцу и ненавистника добру; не смей ничего говорить против Львовского братства, на котором бог почивает и славится, и если услышим, что ты возбраняешь дела благия, то будешь отлучен, а потом и другому церковному наказанию подвергнешься». Это грозное послание понудило Гедеона стать на точку зрения Скарги, убедиться, как вредно вмешательство мирян в дела церковные, убедиться, что уния с господствующею церковию освободит владык от унижения мирской цензуры; он сблизился с католическим львовским епископом и в 1588 году изъявил ему желание принять унию.
В таком состоянии находилась западнорусская церковь, когда в 1589 году посетил ее константинопольский патриарх Иеремия, возвращавшийся из Москвы. Мирские люди не замедлили подать ему сильные жалобы на церковные беспорядки, виною которых были епископы порочные и нерадивые. К числу последних принадлежал главный пастырь, митрополит киевский, Онисифор Девочка, к которому в 1585 году православные галицкие дворяне прислали с сейма следующую любопытную грамоту: «Великому несчастью своему приписать должны мы то, что во время вашего пастырства все мы страшно утеснены, плачем и скитаемся, как овцы, пастыря неимущие. Хотя вашу милость старшим своим имеем, однако ваша милость не заботитесь о том, чтоб словесных овец своих от губительных волков оборонять, нисколько не заботитесь о благочестии. С жалобою на великие несправедливости, нам сделанные, мы приехали на сейм в Варшаву, в надежде на ваше обещание явиться туда же, чтоб вместе бить челом королю, защищать права и вольности закона нашего греческого. Но ваша милость не хотите исполнять своих обязанностей, не хотите быть деятельным при таких великих бедах, больше которых не было и не будет. Во время вашего пастырства вдоволь всякого зла в законе нашем сталось, насилия святыни, замыканье св. таин, запечатание церквей святых, запрещение звонить, выволакивание от престола из церквей божиих попов как злодеев, запрещение мирским людям молиться в церквах: таких насилий не делается и под ногайскими царями, и все это делается в пастырстве вашей милости. Но этого мало: рубят кресты святые, захватывают колокола в замок, отдают их в распоряжение жидам, а ваша милость листы свои открытые против церкви божией жидам на помогу даешь. Из церквей делаются костелы иезуитские, имения, церкви божией данные, теперь к костелам привернуты. В монастырях честных, вместо игуменов и братьи, игумены с женами и детьми живут и церквами святыми владеют; из больших крестов маленькие делают; что было дано к божией чести и хвале, из того святотатство сделано: из вещей церковных делают себе пояса, ложки и сосуды, из риз саяны, из епитрахилей брамы. Но, что еще хуже, ваша милость поставляешь один епископов без свидетелей и без нас, братьи своей, что и правила запрещают, вследствие чего негодные люди становятся епископами и на столицах с женами своими живут без всякого стыда и детей родят. И других, и других, и других бед великих и нестроения множество! Наставилось епископов много, на одну епархию по два: от того и порядок згиб. Мы по обязанности своей вашу милость остерегаем, молим и просим: бога ради, вспомни святых предшественников своих, архиепископов киевских, и возревнуй благочестию их, а на нас не прогневайся: жаль нам души и совести вашей, за все ответ господу богу должны вы отдать».
