На известном этапе развития французского Ренессанса гуманизм и Реформация шли рука об руку. Для Рабле этот путь был именно таким: то есть от схоластического средневекового изучения Писания к изучению критическому, что способствовало сближению с реформационными идеями, затем к всеобъемлющему изучению всего культурного наследия прошлого во имя познания окружающего мира («открытие земли») и самого себя («открытие человека»). Отход от такого пути оборачивался творческим кризисом, обострением внутренних противоречий, как у Маргариты Наваррской. Почву антицерковной, антитеологической сатиры, памятником которой является книга Рабле, следует искать, однако, не в Реформации. Из Рабле не следует также делать последовательного атеиста, хотя в зрелом творчестве он поднялся над католицизмом и над протестантством.
«Еретические» занятия Рабле и его друзей навлекли на них подозрение церковных властей. За Рабле устанавливается слежка. В этом отношении он разделил судьбу большинства французских гуманистов ХVI в. Открытое столкновение с властями произошло в 1523 г.: в келье Рабле произвели обыск, греческие книги были конфискованы. Пьер Ами бежал из монастыря, Рабле остался и добился возвращения книг. Однако через два года, после нового обыска, Рабле расстается с монастырем и перебирается в Пуату, в Майезе, где сближается с настоятелем местного монастыря бенедиктинцев аббатом Жоффруа д’Эстиссаком, человеком просвещенным, не чуждым новых идей. Знакомство вскоре перерастает в дружбу, и д’Эстиссак, лицо весьма влиятельное в своих краях, на долгие годы становится покровителем Рабле. Став чем-то вроде секретаря д’Эстиссака, следующие несколько лет Рабле проводит в разъездах по Франции. Он посещает ряд университетов, в том числе такой передовой, как университет Пуатье. И в этом характерная черта раннего французского гуманизма – его связь с провинциальными университетами (столичный – Сорбонна – оставался средоточием мракобесия и схоластики). В 1530 г. Рабле совсем порывает с церковью, слагая с себя сан. Он обосновывается в Монпелье, где занимается медициной и вскоре объявляет собственный курс. Лекции Рабле, его методология обнаруживают в нем прежде всего гуманиста: Рабле публично комментировал анатомические сочинения Гиппократа и Галена, делая пояснения непосредственно на вскрытом трупе. И в этом он – подлинный сын Возрождения, положившего начало действительно научному изучению человека. Не будь Рабле великим писателем, он вошел бы в историю культуры как замечательный медик. Почему Рабле покинул Монпелье – не вполне ясно; быть может, жажда знаний гнала его дальше, в новые культурные центры, не исключено также, что новизна и смелость его научной методологии могла навлечь на Рабле подозрения и придирки властей. Так или иначе, гуманистические штудии приводят Рабле в Лион, оплот раннего гуманизма. Богатый город, пользовавшийся относительной самостоятельностью, Лион постепенно превращался в культурную столицу страны. В первой половине века лионские издатели и типографы заметно обгоняли парижских. С Лионом связана деятельность Маргариты Наваррской, Деперье, Этьена Доле, Мориса Сева и его школы. Первые книги Рабле не случайно были изданы именно в Лионе.
