Трем управлениям НКО СССР (деятельность которых, напомним, курировал заместитель наркома НКВД В. С. Абакумов) директивой от 27 июня 1941 года о работе в военное время определялись следующие задачи:
1. Агентурно-оперативная работа:
а) в частях Красной Армии;
б) в тылах, обеспечивающие действующие части на фронте;
в) среди гражданского населения.
2. Борьба с дезертирством.
3. Работа на территории противника.
Кроме того, на основании приказа НКО СССР от 13 июля 1941 года о «военной цензуре воинской корреспонденции» в системе трех управлений НКО и НК ВМФ были образованы Отделы военной цензуры. На укомплектование органов цензуры было направлено 900 контролеров.
17 июля 1941 года постановлением ГКО СССР органы 3-го управления НКО СССР были преобразованы в Особые отделы (ОО) НКВД СССР. В их задачи входила борьба со шпионажем и предательством в Красной Армии и с дезертирством в прифронтовой полосе (с правом ареста и расстрела дезертиров на месте). Вводилось подчинение уполномоченных особых отделов в полках и дивизиях комиссарам этих соединений (после введения в октябре 1942 года в армии и на флоте института единоначалия – соответственно командиру полка или соединения), а также непосредственному начальству в ОО НКВД. Приказом наркома Л. П. Берии для борьбы с дезертирами, шпионами и диверсантами предписывалось сформировать при особых отделах дивизий и корпусов стрелковые взводы, армий – отдельные стрелковые роты, фронтов – отдельные батальоны с укомплектованием из войск НКВД.
19 июля 1941 года начальником Управления особых отделов (УОО) НКВД СССР был назначен заместитель наркома Берии комиссар госбезопасности 3-го ранга Виктор Семенович Абакумов (звание присвоено 9 июля). По постановлению ГКО СССР от 20 июля 1941 года произошло слияние НКВД с НКГБ в новую структуру – Наркомат внутренних дел СССР во главе с Л. П. Берией. Соответственно, первым заместителем Абакумова был назначен начальник Главного транспортного управления НКВД и 3-го (секретно-политического) управления НКГБ комиссар ГБ 3-го ранга С. Р. Мильнштейн[17]. Назначение на должность начальника особого отдела Северного фронта[18] получил начальник УНКГБ по г. Ленинграду и Ленинградской области комиссар ГБ 3-го ранга П. Т. Куприн[19], Северо-Западного фронта[20] – прокурор СССР генерал-майор В. М. Бочков[21] (по совместительству), Западного фронта[22] – нарком НКГБ Белорусской ССР комиссар ГБ 3-го ранга Л. Ф. Цанава[23] (с октября 1941 года – начальник 3-го отдела НКВД комиссар ГБ 3-го ранга А. М. Белянов
