Но герцог, поначалу проявлявший живой интерес к музыке, вскоре охладел к своей капелле, и музыкальная жизнь стала постепенно приходить в упадок. В Кётене к тому же отсутствовал приличный орган. В это время у Баха уже была большая семья (семеро детей), а летом 1720 г. его постигла тяжелая утрата: вернувшись из поездки в Карлсбад, он узнал о скоропостижной смерти жены, которую похоронили еще до его приезда. Все это заставило Себастьяна искать новое место службы, и он отправился в Гамбург, где был объявлен конкурс на место органиста при церкви Св. Якоба. Несмотря на бесспорное превосходство над другими претендентами, должность ему получить не удалось — она досталось некоему Гейтману, давшему работодателю большую взятку.
В 1721 г. Бах женился на Анне Магдалене Вильке, которая была моложе его на 16 лет. Это был на редкость гармоничный брак. Домашнее музицирование с подрастающими сыновьями и молодой женой, музыкально одаренной, занимало важное место в жизни композитора. В год своей второй свадьбы, по заказу маркграфа Людвига Бранденбургского, Себастьян написал шесть концертов, которые в наше время стали одними из самых популярных его сочинений.
Громадное творческое наследие Баха включает более 1000 произведений разных жанров. Условно его можно разделить на три части. Первая, вокально-драматическая, связана главным образом с Лейпцигом и насчитывает около 300 духовных и 30 светских кантат. Вторая — органная — так называемый «веймарский период», именно тогда была создана «Хоральная прелюдия» — вершина трехвекового пути развития органной музыки. Третья часть — инструментальная, связанная с Кётеном. Здесь были впервые созданы концертные произведения для клавира (по образу скрипичных), концерты для скрипки в сопровождении оркестра, сонаты для скрипки и сонаты для виолончели, произведения для флейты, виолы да гамба, лютни и др.
Летом 1723 г. Иоганн Себастьян переехал в Лейпциг, где ему была предложена должность кантора церковного хора при школе Св. Фомы. Магистрат поставил целый ряд условий новому кантору, и среди них обязательство не выезжать из города без разрешения бургомистра и не занимать никакой должности при университете. Поражает необычайная творческая плодовитость Баха в этот период. В первые годы работы в Лейпциге он сочинял к каждому воскресенью новую кантату — новое высокохудожественное музыкальное произведение продолжительностью более четверти часа. Здесь же он создал ряд монументальных произведений ораториального характера: «Страсти по Матфею», «Страсти по Иоанну», «Величальная оратория», «Высокая месса» и др.
