За активную подпольную деятельность молодой большевик был в 1907 году арестован. Его выпустили под залог и он сразу уехал в Бельгию, где учился в политехническом университете. Там он познакомился с Инессой Арманд, возлюбленной Ленина. Она сыграла решающую роль в судьбе Якова Христофоровича. Во время Первой мировой войны Германия оккупировала Бельгию. Яков Давтян был арестован как гражданин враждебной страны. Его освободили только в августе 1918 года, когда в Берлин приехал первый советский полпред Адольф Иоффе, член ЦК и соратник Троцкого.
После заключения Брестского мира Советская Россия воспринималась немецкими властями почти как союзник, и личного поручительства полпреда было достаточно, чтобы Давтян вышел на свободу. Он вернулся в Москву. В сентябре 1918 года его утвердили заместителем председателя Московского губернского совнархоза, которым руководила Инесса Арманд.
В феврале 1919 года вместе с Инессой Арманд и Дмитрием Мануильским в составе миссии Российского Красного Креста поехал в Париж, где занимался возвращением русских солдат из экспедиционного корпуса на родину. В мае они вернулись в Новороссийск.
Якова Давтяна командировали в Киев уполномоченным Совета обороны, выдали грозный мандат:
«Товарищу Давтяну поручается восстановление порядка в районе Киевского железнодорожного узла, прекращение бесчинств войсковых эшелонов, задержание дезертиров, выселение из вагонов всех лиц, коим по штатам ими пользоваться не положено. Товарищ Давтян имеет право ареста с последующим преданием суду состоящего при нем Ревтрибунала всех не подчиняющихся его распоряжениям, право пользования прямыми проводами, телефонным, телеграфным, право проезда в любом поезде и пользования отдельным паровозом».
На Южном фронте он был начальником политотдела 1‑й Кавказской кавалерийской дивизии. В начале 1920 года Давтяна отозвали в Москву, в наркомат по иностранным делам. Назначили первым секретарем полпредства в Эстонии, затем он был секретарем делегации, которая во главе с заместителем главы советского правительства Львом Борисовичем Каменевым отправилась в Англию договариваться об урегулировании спорных вопросов.
В конце года Давтяна вернули в наркомат по иностранным делам и назначили заведовать отделом Прибалтики и Польши. Одновременно Инесса Арманд рекомендовала его председателю ВЧК. А Феликсу Эдмундовичу нужен был образованный человек, знающий заграничную жизнь. 12 ноября 1920 года по просьбе Дзержинского оргбюро ЦК, ведавшее распределением партийных кадров перевело Давтяна из наркоминдела в ВЧК.
