Могут ли быть молекулярные машины просто механизмами наподобие часов, то есть работать без программного управления, которым снабжаются современные станки и машины? Видимо, для очень простых молекулярных машин такую возможность пока нельзя исключить. Однако для сложных молекулярных машин, таких как рибосома или РНК-полимераза, наличие программы управления выглядит обязательным условием. Так, например, у хорошо изученной бактерии кишечной палочки (Escherichia coli) найдено около сотни факторов, которые регулируют работу ее РНК-полимеразы (Википедия, статья «РНК-полимераза», 2014). Для механизма такое большое число регулировок выглядит неправдоподобным, а при наличии программы управления это не является проблемой. Если во время своей работы РНК-полимераза обнаруживает поврежденные участки ДНК, то привлекает другие ферменты для ее восстановления. Некоторые ДНК-полимеразы также обладают способностью исправлять ошибки во вновь собираемой цепочке ДНК. Если происходит обнаружение неправильной пары нуклеотидов, ДНК-полимераза откатывается на один шаг назад, исключает неправильный нуклеотид из цепочки и затем вставляет на его место правильный, после чего репликация продолжается в нормальном режиме. Понятно, что такое поведение РНК и ДНК-полимеразы слишком сложно для механизма без программы управления. Еще нужно принять во внимание, что молекулярные машины для своей работы обычно потребляют тепловую энергию окружающей среды. По сути, они повышают упорядоченность в некотором окружающим их пространстве, или, другими словами, понижают энтропию. А такое поведение возможно только при разумном или запрограммированном разумом вмешательстве, потому что под действием только физических законов хаотичность- (энтропия) в замкнутой системе должна увеличиваться.
Если по поводу простейших молекулярных машин еще можно спорить об их чисто механическом принципе работы без участия управляющих программ, то для сложных молекулярных машин уже очень затруднительно объяснить их работу без привлечения управляющих ими программ. И тем более невозможно объяснить работу клетки в целом без наличия в ней управляющего центра, ответственного за координацию и слаженность одновременной работы десятков и даже сотен тысяч молекулярных машин. В этом центре должна контролироваться целостность клетки, если она где-то нарушается, то выдаются команды молекулярным машинам на ее восстановление, в соответствии с «образом» целой клетки, который должен храниться где-то в памяти управляющей программы. Также должны существовать системы тревоги на случай вторжения в тело клетки инородных тел и борьбы с ними. Если изменяются внешние условия, например, температура, то соответствующие датчики должны давать команды на переход к аварийному функционированию систем клетки и т. п. То есть система управления клеткой должна быть мощной, информационно насыщенной, ее было бы невозможно не заметить, если бы она существовала в теле клетки. Но ее там нет, это совершенно очевидно. Однако, не менее очевидно, что она должна существовать. Парадокс можно разрешить, только признав, что она расположена в смежном пространстве, невидимом для нас, и оттуда управляет процессами в клетке. И эта управляющая система и есть, очевидно, та самая «жизненная сила», в этом случае для клетки, которую искали, не сомневаясь, что она существует, многие поколения ученых от Аристотеля до Ламарка.
