Цельноклепанный корпус разделили водонепроницаемыми переборками на XIII основных отсеков. У кораблей первой серии постройки различных верфей назначение и длины части основных отсеков не совпадали и были различными.
На всех броненосцах I-й и И-й основные отсеки были одинаковыми и располагались с 0- го по 9-й и с 9-го по 14-й шп., соответственно, длиной 10,8 м и 6 м. Ниже бронированной палубы в них установили механизмы привода руля, основную и резервную рулевые машинки, разместили механическую мастерскую с токарным станком, аккумуляторную батарею аварийного освещения и кладовые различных запасных частей. С 0-го по 6-й шп. имелась часть пустых помещений. С 11-го шп. размещались погреба 240- мм снарядов и зарядов.
К корме от I-го основного отсека от -4-го по 0-й шп. в пространстве между бронированной и батарейной палубами, на тонкой стальной палубе, бывшей продолжением в корму бронированной палубы, установили кормовой надводный торпедный аппарат (ТА) с запасными торпедами. С 0-го по 6-й шп. находились салон и кабинет командира корабля и кладовые офицеров. Во И-м основном отсеке по 14-й шп. разместили различные служебные помещения, а по ДП с 11-го шп. основание и барбет кормовой 240-мм башни.
На броненосцах «Кайзер Фридрих III» и «Кайзер Вильгельм II» постройки имперской верфи в Вильгельмсхафене Ш-й основной отсек длиной 7,2 м занимал пространство корпуса с 14- го по 20-й шп. На остальных трёх броненосцах постройки других верфей он был на шпацию короче (6 м) и располагался с 14-го по 19-й шп. Ш-й основной отсек по ДП занимал барбет кормовой башни, ниже бронированной палубы основание 240-мм башни, погреба и подъёмники 240- мм снарядов и зарядов, погреб зарядных отделений торпед кормового ТА. На промежуточной палубе ближе к бортам разместили погреба 88-мм унитарных патронов, а ниже на палубной платформе погреба 150-мм снарядов и зарядов кормового двухорудийного каземата.
На броненосцах «Кайзер Фридрих III» и «Кайзер Вильгельм II» в IV-м основном отсеке пространство корпуса ниже бронированной палубы от 20-го до 28-го шп., на трёх остальных с 19-го по 27-й шп. одинаковой длины 9,6 м занимало кормовое машинное отделение (МО). В нём по ДП установили главную паровую машину, вращавшую средний гребной вал, и её различные вспомогательные механизмы. Ближе к бортам на палубной платформе разместили четыре динамомашины и погреба 150-мм снарядов и зарядов угловых казематов. В пространстве между бронированной и батарейной палубами находились каюты кондукторов. В цистернах двойного дна с 24-го по 32-й шп. содержалась котельная питательная вода.
