Власть Валуа подтачивали Гизы, они образовали фанатичную Священную Лигу. Постаревшая, страдающая от многочисленных болезней, королева не могла спасти авторитет сына. Генрих то предавался чрезмерным удовольствиям, то впадал в депрессию и крайнюю религиозность. Во время пятой гражданской войны, пришедшейся на время ее правления, Екатерина взвалила на себя обязанности военного интенданта, во время осады Парижа следила за строительством фортификационных сооружений, организовывала разведку. Современники свидетельствовали, что при осаде Руана Екатерина Медичи вела себя как истинный воин: «Орудийные залпы и пальба аркебуз со всех сторон сыпались на нее, а она не обращала на это никакого внимания. Когда коннетабль Франции де Гиз упрекнул ее в желании накликать на себя несчастье, она всего лишь рассмеялась и сказала, что столь же бесстрашна, как и он; приучена ко всем воинским трудам в такой же степени, в какой и любой из сопровождающих ее спутников мужчин». К ней всегда относились с должным почтением. Когда в мае 1588 года королевское правительство было свергнуто, Генрих III в страхе бежал, оставив мать и свою жену заложницами у Гизов, королева сумела сохранить свое достоинство во время переговоров. Она с болью пережила отставку правительства, которое сама создавала, позор сына, который, хотя и остался на троне, но королем в полном смысле слова не был.
15 декабря 1588 года Екатерина слегла с сильным воспалением легких. Напоследок сын «порадовал» мать коварным и зверским убийством герцога де Гиза. Она поняла, что династия Валуа лишилась королевства. 5 января 1589 года королева, которая в течение 28 лет, спасая семью, сумела сохранить и единство нации, скончалась. Даже ее смерть подтвердила предсказание Нострадамуса: «Сен-Жермен первый узнает о ее смерти». Хотя она постоянно избегала мест, носящих такое название, пророчество сбылось: Екатерина Медичи скончалась на руках королевского проповедника по имени Сен-Жермен. Бедняки шептались: «У нас больше нет королевы-матери, которая даст нам мир». А ее даже не похоронили по-человечески, и лишь спустя годы отдали королевские почести.
Шли годы. «Добрые» короли сменялись на престоле, и личность Екатерины Медичи обрастала зловещими подробностями: отравлениями, колдовством, убийствами неугодных. Многие забыли, что, по свидетельству современников, под ее черными одеждами скрывалась привлекательная жизнелюбивая женщина с незаурядным характером и веселым темпераментом, с изящными манерами и строгим умом. Она с удовольствием устраивала празднества и представила своим гостям первый в истории публичный балет – «Комичный балет королевы», строила дворцы (Тюильери, Суассонский отель), разбивала прекрасные парки и много читала, легко разбиралась в чертежах и сметах. Ее личная библиотека насчитывала 4500 томов, а при дворе королевы были «штатные» поэты и художники. Екатерина покровительствовала искусствам, прививала изящество манер придворным, и королевский двор при ней прославился на всю Европу.
