В 1991–1996 годах Сечин работал в мэрии Санкт-Петербурга, где возглавлял аппарат первого заместителя мэра — председателя комитета по внешним связям Владимира Путина. Он последовал за Путиным в Москву, где (часто за кулисами) работал в правительстве и в Кремле. Когда Путин стал исполняющим обязанности президента, он сразу же назначил Сечина заместителем главы администрации; на этом посту Сечин проработал почти девять лет. Во время первого президентского срока Путина в дипломатических кругах Москвы шутили, что никакого Сечина на самом деле не существует: американские дипломаты предполагали, что это миф, который придумали в Кремле для запугивания оппонентов.
В апреле 2003 года, по данным газеты «Ведомости», Сечин узнал о планах объединения «Сибнефти» и ЮКОСа и о том, что владелец ЮКОСа Михаил Ходорковский обсуждал возможность продажи пакета акций компаниям ChevronTexaco и ExxonMobil. Сечин увидел в появлении компании с 15-процентным американским участием, которая, как он считал, сможет контролировать крупный блок голосов в Государственной думе, прямую угрозу правлению Путина. Ходорковский был арестован, активы ЮКОСа были распроданы на мошеннических аукционах. Большинство этих активов получила «Роснефть». В июле 2004-го Сечин возглавил совет директоров «Роснефти». С мая 2012 года он является президентом компании.
В России, где институты — это люди, Сечин является институтом. Он считает себя дисциплинированным членом группы чиновников, которые, согласно «Ведомостям», преданы делу сохранения власти в руках Путина. Сечин — символ государственного капитализма, «ресоветизации», при которой государство задирает себе ключевые активы. Он также является сторонником кастовой системы в государственной кадровой политике: у него есть сеть людей, которые с ним связаны, и дети которых устраиваются на работу в госбанках и других государственных компаниях.
Однако Сечин не так уж всемогущ. Его попытки заключить союз между BP и «Роснефтью» закончились неудачей. В 2008 году тогдашний президент (и политический соперник Сечина) Дмитрий Медведев назначил его вице-премьером, что было расценено как понижение. Влияние Сечина вновь сократилось в прошлом году, когда он не вошел в состав правительства Медведева. С тех пор Сечин воюет с Дворковичем за контроль над энергетическим сектором. В конце февраля бывший замминистра энергетики Владимир Милов написал, что Сечин проиграл от решения правительства выделить 50 млрд. руб. компании «РусГидро» в ущерб «Роснефтегазу» (совет директоров которого возглавляет Сечин). В феврале Путин резко раскритиковал Евгения Дода, бывшего союзника Сечина в «РусГидро», за то, что тот несвоевременно сообщил в правоохранительные органы о случаях хищения на строящихся гидрообъектах под Москвой.
