В 1846 году Василий Алексеевич, во время отсутствия адмирала Меншикова временно исправлял должность начальника Главного морского штаба. В этой должности он лично разбирался с новыми подвигами нашего старого знакомца Юнкера. Тому поручили доставить бронзовых коней, подарок Николая I прусскому королю. Как командир транспорта не пропил царский подарок — тайна, покрытая мраком, но зато он назанимал за границей у доверчивых официальных лиц столько денег, что, когда пришла пора их отдавать, начался международный скандал. По приказанию Перовского подняли все его старые дела, в том числе и по итогам плавания «Або» на Камчатку, опросили бывших подчинённых командира транспорта. Вот тогда-то Перовский впервые познакомился с Бутаковым Моряк ему понравился. После возвращения Меншикова, Перовский рекомендовал Бутакова начальнику Главного морского штаба на должность командира судна. Благодаря его рекомендации Бутаков и был назначен командиром шхуны. Князь провалами в памяти не страдал, но последние гастроли Юнкера послужили доказательством правоты офицеров транспорта «Або», писавших о недостойном поведении их командира Когда возникла необходимость отправить для описи Аральского моря опытного инициативного моряка, Василий Алексеевич, занимавший в ту пору должность члена Государственного совета, а с 1847 года ещё и члена Адмиралтейств-совета, посоветовал послать на Арал Алексея Ивановича Бутакова. Замолвил слово за Бутакова и его однокашник, адъютант начальника Главного морского штаба Николай Карлович Краббе, который принимал участие в Хивинском походе Перовского. Позже Краббе ещё раз побывал в Средней Азии и организовал постройку баркасов для плавания по Аральскому морю. Но местным офицерам он больше запомнился успехами у оренбургских дам, которых покорял мгновенно.
Перед отъездом Алексея Ивановича проинструктировал Беллинсгаузен и вручил в конце беседы инструкции различных ведомств, в том числе и Академии наук. Все начальники подчёркивали важность и ответственность поручения. У нас это классически умеют делать, посылая человека к чёрту на рога. Генерал Владимир Афанасьевич Обручев, позже сменивший Перовского, занял северо-восточное побережье Аральского моря и основал укрепление Раим. И тогда же в Раим доставили построенную в Оренбурге военную шхуну «Николай». Алексею Ивановичу Бутакову предстояло построить вторую шхуну, перевезти её на Арал, а затем на двух судах приступить к исследованиям. Часть небольшой по численности команды обещали прислать из Астрахани, а остальных предложили набрать из солдат местного гарнизона. Сдав «Радугу» новому командиру, Алексей Бутаков направился в Оренбург. Его ближайшим помощником назначили прапорщика корпуса флотских штурманов Ксенофонта Поспелова, опытного моряка и толкового штурмана. В столице степного края Бутаков обнаружил вполне достойное общество, значительную часть которого составляли офицеры, отправленные туда «для исправления», и ссыльные.
