Князь Дмитрий Александрович Оболенский был директором комиссариатского департамента. Как и Бутаков, после своего назначения он рьяно занялся борьбой со злоупотреблениями в Морском министерстве. Между тем по результатам работы комиссии, созданной Бутаковым, на основании его доклада последовали жёсткие меры: «за злоупотребления и беспорядки по поставке провианта и мундирных материалов в магазины Черноморского интендантства» предали военному суду группу лиц: контр-адмирала Швенднера, семь штаб-офицеров, четырёх чиновников и двух купцов, имевших почётное гражданство. В результате Швенднера исключили из службы, часть офицеров разжаловали в матросы, лишили боевых орденов. Со всех взыскали стоимость имущества и продовольствия, оставив просто нищими. Ниточка, как выражаются авторы детективов, потянулась к ещё более крупным фигурам, в частности к адмиралу Метлину. Оболенский, в отличие от Бутакова, был опытным юристом.
Его комиссия подтвердила выявленные злоупотребления, но, как выяснилось в процессе его работы, виновными оказались совсем другие лица. Бутаков стал жертвой хорошо продуманной интриги настоящих преступников. Григорий Иванович не мог с этим согласиться: кому хочется так попасть впросак. Неудивительно, что Бутаков упорно настаивал на своей версии.
В донесении генерал-адмиралу он обвинил столичную комиссию в необъективности. Однако с ним не согласился Константин Иванович Истомин, председатель ещё одной, военно-судной, комиссии, назначенной для разбора «злоупотреблений, обнаруженных по интендантской части Черноморского управления». Попал в дурацкое положение и Константин, поторопившийся доложить царю непроверенные сведения.
Конечно, Швенднер, как обер-интендант, отвечал за всё происходившее в его службе, но доказательств того, что он сам участвовал в хищениях, не было. Бутаков, ознакомившись с результатами работы комиссий, написал прошение об отставке, но его рапорт был оставлен без внимания. Зато пришёл неожиданный выговор от великого князя за «неприличную придирчивость и неисполнение его воли» в деле о разборе севастопольских развалин. Об отставке с ним и разговаривать не стали. Авторитет Григория Ивановича у Константина и у царя в результате всей этой интендантской истории не рухнул, но трещина появилась, и не малая. Сохранилась запись: «Поставлено контр-адмиралу Бутакову на вид, что ему не следовало представлять начальству о контр-адмирале Швенднере и бывшем полковнике Трофимовском, как о главных виновниках в допущениях приёма от поставщиков недоброкачественного провианта, не имея для такового обвинения надлежащего основания, и когда по закону они не подлежали ответственности за означенный ущерб. Вследствие этого обвинения Швенднер и Трофимовский неправильно были подвергнуты аресту, и на имущество сих лиц неправильно было наложено запрещение…» Без вины виноватыми оказались также надворный советник Зимницкий, мещанин Скобликов и поселянин Выкрестенко, поскольку «причастность этих лиц к поставкам от почётного гражданина Киреевского не была обнаружена». Наверно, не очень приятно было потом Бутакову встречаться с ошельмованными им людьми. В довершение всех неприятностей имелось ещё одно обстоятельство, которое цепляло самолюбие молодого адмирала. Началась деятельность Русского общества пароходства и торговли. В мае отправился в первый рейс пароход «Дон». От правительства общество получило огромный кредит, ему предоставили на двадцать лет ежегодные субсидии. По приказу генерал-адмирала для службы на пароходах направили 126 морских офицеров и несколько сот матросов из состава Черноморского флота. В случае войны пароходы предполагалось быстро вооружить и использовать в качестве крейсеров. С командами занимались боевой подготовкой. Получалось, что полувоенная должность председателя пароходного общества капитана 1-го ранга Аркаса значила гораздо больше, чем должность заведующего морской частью контр-адмирала Бутакова Когда я писал об этих неприятностях Григория Ивановича, то в голове возникли строки из замечательного стихотворения Андрея Дементьева:
