В ночь с 14 на 15 июля 1875 года в селе сгорела церковь. В огне погибли все церковные документы и «…памятники древности». По случившемуся пожару дознание проводил благочинный Сычевского уезда священник села Ильинского Иаков Брянцев. Дознание пришло к выводу, что пожар случился «.. от неизвестной причины» {СЕВ, 1882, № 23, стр.714.}. По поводу утраты прихожанами церкви, вышел Указ Смоленской Консистории № 6709 от 9 августа того же года. В соответствии с этим Указом, сельскому священнику предписывалось узнать мнение прихожан о строительстве новой церкви. Прихожанам предлагалось выбрать — строить каменную церковь или деревянную на каменном фундаменте. 2 сентября 1875 года прихожане приняли решение строить деревянный храм на каменном фундаменте и построить его в течении одного года. При этом прихожане обязались пожертвовать по 2 рубля каждый. Одновременно они обратились с просьбой купить не использующуюся деревянную церковь.
Для восстановления церкви был создан комитет по строительству, который возглавлял священник Иаков Брянцев. В состав комитета входил и приходский священник Медведков, который активно участвовал в воссоздании храма. Решением Смоленской Духовной Консистории Богдановская церковь, на время строительства, была освобождена от взносов на «духовноучебные заведения».
В начале зимы 1875 года в селе Середа за 350 рублей была куплена деревянная церковь, перевезенная и установленная силами прихожан на том же месте, где стояла старая. Был использован не поврежденный огнем старый каменный фундамент. Все ветхое, гнилое в здании храма было заменено. Позже была перевезена и установлена колокольня. Здание храма было обшито новым тесом. Крыша покрыта железом и окрашена белилами и медянкою. Роспись иконостаса и храма выполнял ржевский живописец Петр Зуев. Переливка колоколов осуществлялась в городе Вязьме. Указом Смоленской Консистории № 6944 от 19 августа 1876 года было дано разрешение на освящение храма. Освящение храма с одним престолом во имя Сошествия Святаго Духа состоялось 20 сентября 1876 года. Через четыре года был устроен второй придел во имя Святого Пророка Ильи, который был освящен 22 сентября 1881 года. Так, спустя шесть лет после пожара, в селе Богданово была «…устроена почти новая, очень благовидная церковь» {СЕВ, 1882, № 23, стр.716.}.
Всего на устройство нового храма было затрачено более 4000 рублей. Наиболее крупные пожертвования на храм поступили от церковного старосты — крестьянина деревни Лопатка Адриана Михайлова, который внес 1218 рублей 30 копеек. Сборщики пожертвований на храм внесли личные деньги: Антон Егоров — 1254 рубля и Филипп Лавров — 200 рублей. Прихожанами церкви было пожертвовано 459 рублей 60 копеек. Еще 107 рублей 40 копеек поступило от приходского попечительства. Всем миром сгоревший храм был восстановлен в кратчайшие сроки.